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昆蟲論壇《台灣昆蟲紀錄區》《鞘翅目》 [返回] → 瀏覽:[討論]台灣深山鍬形蟲  標記論壇所有內容為已讀取 

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 airbugsHuang 

 

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  [這篇文章最後由airbugsHuang在 2011/01/05 06:06pm 第 2 次編輯]|
這一篇文章po在這其實是我不知道要po在哪比較好 在台灣鍬形蟲的圖鑑裡面=E-gYF
遇到有台灣深山的時候  通常都會說:RfdI6&
台灣深山有分成北部型、中部型以及南部型三種&?@]
最近在論壇上面看到  有人也覺得有東部型bK[!,
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   _c7
所以難免會讓人想知道_b
它們這樣的變化是一定的嗎(這個需要量很多標本)Cv
或是  這些型態上又差別的族群是不是也已經在遺傳上有差異_cf}
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   seaNv3
很多的書都寫著  這樣的關係值得深入去探討Mu
但是目前為止還沒找到相關的paper有對台灣深山的討論HQ^x#D
因此  最近收到一些標本的我  就先把手頭上有的個體分析~=16w
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   cX[A
我所用的方法  是以分子層次的變化來比較各族群之間的關係q(&fzq
用這個方法得到資料比較快  而且我也比較熟悉1aG)~&
(用養的要花很久的時間、很多的空間,對我來說比較困難)[
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   P/h
以下是我有的個體分佈圖p}
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   E4
此主題相關圖片如下:*5[
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4(
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   z_TY
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   ?|P+4
(圖片是用許老師2000年paper中的台灣圖修改)Q6~
最北邊紅色的部分為北縣三峽以及烏來SA
下方紅色為北橫巴嶺及拉拉山pZ
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   "1#J
中部藍色為溪頭及杉林溪u%LX!?
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   96
南部綠色為阿里山  及東部的利佳林道和南橫栗園}uwn`
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   !!
東部灰色是瑞穗林道g)"Z\n
(論壇如果不能公布地點,請告訴我,我會把這一段d掉)K`
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   3X0M,F
一樣的顏色是之前我比較常看到大家所說的各個型分佈位置~Ol8+J
有一點與現今台灣政治顏色相同  所以這樣標5#Lf{c
如果看了不舒服  非常抱歉=`ZaC"
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   $nty%N
一開始我所選擇的Gene Region有mt CO1 region及mt16SrDNA)dYB8%
(NCBI上面這兩段基因序列使用分享最多)c
後來知道現在bar coding是用CO1  所以我就用CO1來分析/
CO1在粒線體的位置如下:3mPf
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   h#$)
此主題相關圖片如下:u(,
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Cfx#Z&
按此查看圖片詳細資料;Z
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   F5n7v>
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   _Hu,J,
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   4/
我所使用的primer pair是simon(1994)的insect universal primers:i
Foreward : C1-J-1751 及 Reverse: TL-N-3014'
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   +*$]o:
此主題相關圖片如下:<@
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%F"-L
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   aqE
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   ?MKi
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   [
PCR之後 切膠純化  然後作TA cloning."QhlW
總共的長度是1302個basepairs)Cb'
(因為是universal primer pair,他不是很專一,直接定序不好看。而且>3
1302個basepairs必須要再設計一組internal primersnQ3~A
才能得到完整漂亮的序列,乾脆用clone比較方便 )q^
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   1p>J+
選了Lucanus hermani及Lucanus laetus當外群fu
(期中Lucanus hermani與台灣深山長的很像  也許是姊妹群)Xf(DW
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   F]]y#Y
用clustalV 作對齊(alignment是這樣翻嗎)^a
然後用Mega跑Parsimony analysis6g5$t
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   md2?yF
以下的圖是24個most parsimony tree的consensus tree!"$7~
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   quph,m
此主題相關圖片如下:i
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_
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   mM
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   >x"mC>
(TPss北縣三峽、TPwl北縣烏來、TYbl北橫巴領、TYlls北橫拉拉山|FG
NTst南投溪頭、NTsls南投杉林溪、CYala嘉義阿里山、TDlc台東利佳林道JET
TDly南橫栗園、HLjs花蓮瑞穗林道)jr
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   N>
從CO1的結果來看  台灣深山的各族群遺傳結構ma_@Y
已經在地理上有很明顯的分化(structured populations)|
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   4)El5d
大概分成中北部、中南部及東部三群<8r
其中看的出來方向性  嘉義阿里山最先進來台灣'
然後分成東部的族群  以及中北部的族群~Za`S
中部南投山區也許是北部及南部族群的重疊地帶BfWm-|
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   ObZ.#
此主題相關圖片如下:0k
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/
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   XB-
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以上大概就是初步的結果m"s
畢竟我每個地方的個體不多  而且點也很少*~`<h
所以你也可以不相信我的結果yR^x m
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   1+ers)
無論如何}|
這是一個值得繼續作下去的題目9y
至於各個地方的大顎為什麼會變化的那麼大!P
我可以找到的相關文獻在這maltk
http://web.thu.edu.tw/g942505/www/Population%20density%20drives%20the%20local%20evolution%20of%20a%20threshold%20dimorphism%20JLT%20&%20GSB%20Nature%202004.pdf@\~
台灣深山似乎也有類似allometry的現象X7Hy
族群密度比較高的地方大型雄蟲放到大顎的能量比較多%JAdc:
族群密度地的地方似乎比較少e}pm}
而這樣的結果在目前的分析看來  似乎有遺傳的差異純在了<jXNE3
不過還是一句  我的sample size很小  他依舊可能是型態的可塑性FgT3Z
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   @i]C;
大顎的彎曲程度也是大家在分產地的重點HPIRXu
但是我沒辦法和我的結果連想起來 相關資料也不多(大多是長度&重量)j^cMu.
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   sNB
以後還要多收集不同產地的台灣深山E*L
以及多去博物館量外部型態特徵=;Ls
(想要到交易版徵有確切產地的蟲,可是不敢 呵呵)*DT%
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   it'K
感謝很多送我標本的人jH
裡面只有溪頭一隻是我自己抓的L,24
其他的夢蟲無我老闆提供很多  G
嘉義大學的同學去年送我兩隻阿里山的個體等等c[
非常感謝~
外群是跟zozo買來的乾標本8@
(PS.只要是沒有發黴過或被蟲子吃過的乾標本,我都可以抽出DNA  得意中)MAE{q
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   m"RYP/
好了  在論壇潛水很久  好像做了一點事  哈哈BCck_l
希望畢業前這個alternative作的完  "或是有人接"(變向的招收學生)yni



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發表文章時間2006/10/08 03:25:55pm IP: 已設定保密[本文共 4042 位元組]  
 kefarm 




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  好文值得大力推}OCYo
請問是否有鍬形蟲體型相關基因被cloned 或identified(
mt CO1 和體型的相關性???/量的關係存在嗎???/g



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發表文章時間2006/10/16 10:41:36am IP: 已設定保密[本文共 141 位元組]  
 thegame0930 

 

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  鍬形蟲體型相關基因應該是還沒被cloned 或identified.i
樓主用的基因應該是粒線體DNA吧O;URa
是一段較不會變異的DNA2m.=Y
常常用來鑑定種源關係vV
跟體型沒啥關係(有錯請指正)Ih;
樓主真是厲害...學以致用AL(uyT



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發表文章時間2006/10/16 10:04:43pm IP: 已設定保密[本文共 216 位元組]  
 kefarm 




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下面引用由thegame09302006/10/16 10:04pm 發表的內容:W8P
鍬形蟲體型相關基因應該是還沒被cloned 或identified-s<N
樓主用的基因應該是粒線體DNA吧)\7<s
是一段較不會變異的DNA~UOB42
常常用來鑑定種源關係&`RhZ
...©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   "m;`~

|A>PEC
粒線體DNA和應該體形基因無關]:
我只是想說拿鍬形虫當材料~|:
比果蠅辛苦多多87
也許昆蟲體形基因在果蠅研究已被証實1xO7
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   k6iq|
好久沒在這領域h2}W
生疏了2=
若有不當!8YRTp
請多擔待n]n
謝謝!!$cL



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發表文章時間2006/10/17 08:09:49am IP: 已設定保密[本文共 437 位元組]  
 airbugsHuang 

 

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  粒線體DNA與體型應該是沒有關係的P`p
畢竟它不是核DNA;
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   %}vlw
它在細胞裡面是用來產生能量@
基本上會選這一段來做是因為它比較好做zG[=]
而且  (雖然我還沒跑過檢測)  它應該比較中性kLHpOd
用來做親源地理的分析比較方便]&
等資料完整之後可以回推分枝點的時間H6)Y
方便與一些地質事件做結合討論t
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   l
所以討論親源關係大多會選擇做這些homology的treeS
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   yX|X
當然也可以選做homoplasy的treeq<
選發育大顎的gene2P
這樣會比較類似討論大顎工能的演化%XYg^=
親源比較遠的系群可能會因為有類似的選擇壓力R_J,a
使得它們這一段gene相似度較高*/hi
以上要做也是可以的};%o
只是比較難`:lGEZ
(個人覺的核DNA要比粒線體DNA要難PCR  而且primer序列應該只有果蠅的)h
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   -zE
至於鍬形蟲體型相關的gene  現在應該還沒有identify出來?L
這個要做其實也不難  只要有錢ae;Fc
先做完library  再用micro array看長大顎的時後表現那一些gene就行j
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   @L
但知道了是那一個gene之後  其實也沒什麼用V4I.
很多人想的到over expression就會比較大隻(cJ
或是做knock in "beetle"uR;
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   UTX
我只能說老鼠都以經被人類做很久了n/4K%s
knock out的買來還是貴的要死~}U
這部份現在要發展在甲蟲  不會有人想支持及花錢的me!H-
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   -
不知道有沒有離題 :)BmH



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發表文章時間2006/10/17 10:38:18pm IP: 已設定保密[本文共 1082 位元組]  
 formosanus 
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  對於這種用心探討的態度及勇氣相當佩服勒f =
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   J
相信要做這些出來 您應該花了不少心力C3TNE*
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   gN@Ezo
成果也是有目共睹的勒6BNs2o
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   R1]0<F
自己雖然不是做系統發生的  (b<_<@
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   >6:
但是也稍微看過  對這種題目也蠻有興趣的-=
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   J($
所以從門外漢的角度  請教幾各問題勒(2!7%
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   H
1.總共跑了幾棵樹阿?r`<o
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   OjAY
2.雖然可以預期相同的產地會在同一群g0C
 z"ZEi
但我想中部地區的結果是不是相當值得繼續討論的地方?.Dk.Mc
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   r0f~^W
3.對於利用大顎彎曲程度來區分地區型 是不是屬於一個synapomorphic0
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   #W[
門外漢的我想說  如果利用收集更多該地區的樣品Dc
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   5
以morphometric方式  將各種特徵做Parsimony analysis後]Z[?
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   F
再與CO1 tree進行交叉分析 是不是就可以得到結果阿?V, ~
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   ;A
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   "Xq,2



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發表文章時間2006/10/19 08:44:00pm IP: 已設定保密[本文共 603 位元組]  
 airbugsHuang 

 

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下面引用由formosanus2006/10/19 08:44pm 發表的內容:$L01<
對於這種用心探討的態度及勇氣相當佩服勒^R
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   "/B`(z
相信要做這些出來 您應該花了不少心力Wx`9
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   yf:p
成果也是有目共睹的勒wX
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   S
自己雖然不是做系統發生的  );x|G
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   1OU
但是也稍微看過  對這種題目也蠻有興趣的\\GFE;
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   'c'\-
所以從門外漢的角度  請教幾各問題勒`6GY/
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   9(S3$
1.總共跑了幾棵樹阿?>
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   EPE5bL
2.雖然可以預期相同的產地會在同一群^Q
但我想中部地區的結果是不是相當值得繼續討論的地方?W&p7]2
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   D
3.對於利用大顎彎曲p[xD/n

Kj@5
Maximum parsimony tree共有24條LY
我放的這一棵tree是這24條的consensus tree/>~Nhw
那  我沒有放distance的tree(像NJ之類的)|b#s
Baysian跟Maximun likelihood也許等data多一點再一起做'+J
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   :ru`
中部的族群的確很有趣z0~
不過還必需要累積更多一點來自中部不同地方的個體4K'sK*
這題目是當然很好玩  值得做下去的|\F$
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   'V[.xW
至於型態  對我來說最大的問題tYq">~
應該是如何去加權(coding是這樣翻譯吧)buti1J
這方面我比較不熟  不過這是可以拿來分析C
而且會讓結果更完整的方法#nW.t7
總之  一切都還在摸索  謝謝你的建議gzST(j
我也希望可以試試看Oc`



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發表文章時間2006/10/21 10:51:29pm IP: 已設定保密[本文共 996 位元組]  
 chengtw 
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  就學術的角度來看是相當不錯@
所得到的結果可否能有實務上的應用o5O
不是說學術領域的探討不重要vJ?
畢竟現在的社會就是這樣\"Cayn
研究結果能夠有效的應用U#
政府才有可能投入更多的經費Th~+
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   jQ
以前唸書的時候-,Ls7
希望可以把鰻魚的抗凍基因應用在香魚身上M:A?G^
但是要做的事情實在太多Uh
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   +y
希望有更多的人投入這類的研究@H



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發表文章時間2006/11/21 11:45:20am IP: 已設定保密[本文共 318 位元組]  
 airbugsHuang 

 

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  務實的應用可能比較難,因為我當時想的都是對氣候變遷,4xr)4
或是環境及地理變化對對生物遺傳結構的影響。不過您說的R6ro
也是很重要的一環,這也是我們對害蟲防治會投入比較多的P*
資金和注意,他和我們生活息息相關。'
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   uXA
而我這一方向的研究,其實也很有應用的價值,可以重過去GJ
的氣候變化,還有現金的遺傳結構來看氣候環境變遷對物種p Z'Pk
的影響。另一方面,演化學的理論和研究也應用很多在流行[Bs.i
病學。所以雖然和生活及經濟活動沒有直接的關係,但其實d{fy
此研究對整個社會的影響還是有的。#4ph/Z
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   thz
隔了四年才發現有問題沒有回覆,真是抱歉!W_Dp



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發表文章時間2010/12/20 02:45:59am IP: 已設定保密[本文共 528 位元組]  
 airbugsHuang 

 

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  [這篇文章最後由airbugsHuang在 2010/12/19 06:11pm 第 2 次編輯]sO`
這一個研究今年終於刊登出來了!7q,4`d
一直都因為研究裡面有的個體太少,所以寫討論和結果比較難。3F
不過至少結果是很好玩的,所以期刊相信有興趣的人還是很多。E
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   ^
題目是:i<6
Diversification in subtropical mountains: phylogeography, Pleistocene demographic expansion, and evolution of polyphenic mandibles in Taiwanese stag beetle, Lucanus formosanus.*::7Ib
刊登在: Molecular Phylogenetics and Evolution, 57, 1149-1161HH|o]K
連結在:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20971199H2
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇   1dyd
內容主要有(一)更新世後期的氣候變化,可能與台灣深山有一個粒線體支系當時族群量大量擴張有關係(全台廣布的支系),而另外一個分布比較侷限的支系(阿里山支系)就沒有這一個現象。zi?Y
(二)另外就是主要山脈的族群之間有很顯著的過去基因交流,這個基因交流很少可以越過中央山脈,但是可以繞著中央山脈使各個族群之間的遺傳結構連接在一起。m]A
(三)各個山脈之間有顯著的”型態分化”,其中又以東部和中央山脈西部的族群可以看大顎的型態就區分開來。這些應該大家之前都知道了,但是這一篇文章有數據。A6!D:
(四)最後一部分就是族群間型態的差異和分子差異是”沒有”相關性的,型態和分子的差異都是地理分隔距離造成的結果,住的越近的人長得越像彼此之間的親緣關係也比較接近,但是親源關係不會決定台灣深山長的樣子。4w@QA



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快速回覆主題: [討論]台灣深山鍬形蟲
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