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 airbugsHuang 

 

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  [這篇文章最後由airbugsHuang在 2011/01/05 06:06pm 第 2 次編輯]gX[ J
這一篇文章po在這其實是我不知道要po在哪比較好 在台灣鍬形蟲的圖鑑裡面7_
遇到有台灣深山的時候  通常都會說：{*
台灣深山有分成北部型、中部型以及南部型三種Y;
最近在論壇上面看到  有人也覺得有東部型S~
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ;z
所以難免會讓人想知道L]l
它們這樣的變化是一定的嗎(這個需要量很多標本)kX
或是  這些型態上又差別的族群是不是也已經在遺傳上有差異WVtl
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 =t
很多的書都寫著  這樣的關係值得深入去探討3mZ
但是目前為止還沒找到相關的paper有對台灣深山的討論@3.i6
因此  最近收到一些標本的我  就先把手頭上有的個體分析k,rF)
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 $m*
我所用的方法  是以分子層次的變化來比較各族群之間的關係c`
用這個方法得到資料比較快  而且我也比較熟悉aI
(用養的要花很久的時間、很多的空間，對我來說比較困難)[
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 r'
以下是我有的個體分佈圖7Rt)y|
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 (
此主題相關圖片如下：FeXw
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Rj
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 s
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 .P1-&
(圖片是用許老師2000年paper中的台灣圖修改)9
最北邊紅色的部分為北縣三峽以及烏來FQZS+Y
下方紅色為北橫巴嶺及拉拉山AqQ.
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 U
中部藍色為溪頭及杉林溪-8
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 j4TA+
南部綠色為阿里山  及東部的利佳林道和南橫栗園&51ur
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 F
東部灰色是瑞穗林道s^-8g
(論壇如果不能公布地點，請告訴我，我會把這一段d掉)K16
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 x#JJ
一樣的顏色是之前我比較常看到大家所說的各個型分佈位置j3
有一點與現今台灣政治顏色相同  所以這樣標x:bJx^
如果看了不舒服  非常抱歉fe
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 2tA'W/
一開始我所選擇的Gene Region有mt CO1 region及mt16SrDNAY`
(NCBI上面這兩段基因序列使用分享最多)QV4p
後來知道現在bar coding是用CO1  所以我就用CO1來分析I"
CO1在粒線體的位置如下:`
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 =
此主題相關圖片如下：_CtPXS
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P
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ~u
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 H:rk
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 U1d$.r
我所使用的primer pair是simon(1994)的insect universal primersBF
Foreward : C1-J-1751 及 Reverse: TL-N-30147!/A8
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 !Q
此主題相關圖片如下：8%u
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R
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 T)T
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ar\E+
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 `U;
PCR之後 切膠純化  然後作TA cloning.mjkYX"
總共的長度是1302個basepairs)Kn/)i
(因為是universal primer pair，他不是很專一，直接定序不好看。而且'a;
1302個basepairs必須要再設計一組internal primersNHf,@F
才能得到完整漂亮的序列，乾脆用clone比較方便 )jc
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 D)E
選了Lucanus hermani及Lucanus laetus當外群]!(
(期中Lucanus hermani與台灣深山長的很像  也許是姊妹群)$
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ya
用clustalV 作對齊(alignment是這樣翻嗎)z
然後用Mega跑Parsimony analysis$pYg6
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 q-z6
以下的圖是24個most parsimony tree的consensus tree2Wyy"
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 0b<-^
此主題相關圖片如下：$
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7mB
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 (
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 sI9D
(TPss北縣三峽、TPwl北縣烏來、TYbl北橫巴領、TYlls北橫拉拉山 ghR
NTst南投溪頭、NTsls南投杉林溪、CYala嘉義阿里山、TDlc台東利佳林道CFJ7XS
TDly南橫栗園、HLjs花蓮瑞穗林道)T'm/(
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 $=Q
從CO1的結果來看  台灣深山的各族群遺傳結構avv
已經在地理上有很明顯的分化(structured populations)ci:M+
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 (LE
大概分成中北部、中南部及東部三群GDP_49
其中看的出來方向性  嘉義阿里山最先進來台灣>TqDHo
然後分成東部的族群  以及中北部的族群]s9"z
中部南投山區也許是北部及南部族群的重疊地帶 _bqp
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 #|N[
此主題相關圖片如下：k3VmS
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 +#
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 MC4?RW
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 H^
以上大概就是初步的結果]6
畢竟我每個地方的個體不多  而且點也很少f(
所以你也可以不相信我的結果)
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 O8(w
無論如何_)A=M`
這是一個值得繼續作下去的題目m6Z3le
至於各個地方的大顎為什麼會變化的那麼大3_9Uk
我可以找到的相關文獻在這u]
http://web.thu.edu.tw/g942505/www/Population%20density%20drives%20the%20local%20evolution%20of%20a%20threshold%20dimorphism%20JLT%20&%20GSB%20Nature%202004.pdf^k
台灣深山似乎也有類似allometry的現象[H
族群密度比較高的地方大型雄蟲放到大顎的能量比較多M
族群密度地的地方似乎比較少(t
而這樣的結果在目前的分析看來  似乎有遺傳的差異純在了eZ+?)
不過還是一句  我的sample size很小  他依舊可能是型態的可塑性Q'z$Q
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Z
大顎的彎曲程度也是大家在分產地的重點hh\.V)
但是我沒辦法和我的結果連想起來 相關資料也不多(大多是長度&重量)ed[gnE
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ,&Wg#
以後還要多收集不同產地的台灣深山$DDI
以及多去博物館量外部型態特徵}PI;r
(想要到交易版徵有確切產地的蟲，可是不敢 呵呵)(
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 |
感謝很多送我標本的人WLx{4-
裡面只有溪頭一隻是我自己抓的rck
其他的夢蟲無我老闆提供很多  yi
嘉義大學的同學去年送我兩隻阿里山的個體等等`9l~V
非常感謝s
外群是跟zozo買來的乾標本tK
(PS.只要是沒有發黴過或被蟲子吃過的乾標本，我都可以抽出DNA  得意中))?w
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 a
好了  在論壇潛水很久  好像做了一點事  哈哈go*
希望畢業前這個alternative作的完  "或是有人接"(變向的招收學生)\



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 kefarm 




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  好文值得大力推KKJ
請問是否有鍬形蟲體型相關基因被cloned 或identifiedmL
mt CO1 和體型的相關性???/量的關係存在嗎???r



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發表文章時間2006/10/16 10:41:36am　IP: 已設定保密[本文共 141 位元組]　 
 thegame0930 

 

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  鍬形蟲體型相關基因應該是還沒被cloned 或identified!Rp
樓主用的基因應該是粒線體DNA吧*@
是一段較不會變異的DNAtKf{
常常用來鑑定種源關係vF&NJ\
跟體型沒啥關係(有錯請指正)-#* [`
樓主真是厲害...學以致用Pl`S



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發表文章時間2006/10/16 10:04:43pm　IP: 已設定保密[本文共 216 位元組]　 
 kefarm 




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下面引用由thegame0930在 2006/10/16 10:04pm 發表的內容：(!E/
鍬形蟲體型相關基因應該是還沒被cloned 或identifiedr
樓主用的基因應該是粒線體DNA吧}6z
是一段較不會變異的DNA(
常常用來鑑定種源關係`N/
...©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Lo$

UJn{*
粒線體DNA和應該體形基因無關J"'\T(
我只是想說拿鍬形虫當材料6>`dm
比果蠅辛苦多多5"]L
也許昆蟲體形基因在果蠅研究已被証實IxI
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 J
好久沒在這領域_S.gWj
生疏了pO
若有不當{>\hm6
請多擔待PA
謝謝!!>UG9yR



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發表文章時間2006/10/17 08:09:49am　IP: 已設定保密[本文共 437 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  粒線體DNA與體型應該是沒有關係的[*sV5X
畢竟它不是核DNAJ6A/
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 AJ>n
它在細胞裡面是用來產生能量arl
基本上會選這一段來做是因為它比較好做.p(
而且  (雖然我還沒跑過檢測)  它應該比較中性+:r{c
用來做親源地理的分析比較方便R~m
等資料完整之後可以回推分枝點的時間LSkaJ
方便與一些地質事件做結合討論!aV4R
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 S
所以討論親源關係大多會選擇做這些homology的treeK$[z
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 {9k~V
當然也可以選做homoplasy的treeu
選發育大顎的geneY5x#`e
這樣會比較類似討論大顎工能的演化{V)
親源比較遠的系群可能會因為有類似的選擇壓力>% '
使得它們這一段gene相似度較高m
以上要做也是可以的=\X
只是比較難cZX
(個人覺的核DNA要比粒線體DNA要難PCR  而且primer序列應該只有果蠅的)1~Lq
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 (
至於鍬形蟲體型相關的gene  現在應該還沒有identify出來c\36S
這個要做其實也不難  只要有錢,xdj.
先做完library  再用micro array看長大顎的時後表現那一些gene就行2Gg\q
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 G
但知道了是那一個gene之後  其實也沒什麼用<*
很多人想的到over expression就會比較大隻#Ejip&
或是做knock in "beetle"Q":+I
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 AuMN
我只能說老鼠都以經被人類做很久了CE9
knock out的買來還是貴的要死1[
這部份現在要發展在甲蟲  不會有人想支持及花錢的<
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 jem
不知道有沒有離題 0gn



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發表文章時間2006/10/17 10:38:18pm　IP: 已設定保密[本文共 1082 位元組]　 
 formosanus 
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  對於這種用心探討的態度及勇氣相當佩服勒a#bL
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 l^I
相信要做這些出來 您應該花了不少心力>
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 g
成果也是有目共睹的勒A(|
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 @)
自己雖然不是做系統發生的  #y-dm4
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 @@R
但是也稍微看過  對這種題目也蠻有興趣的+pD
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 a2v`[
所以從門外漢的角度  請教幾各問題勒{
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 H$
1.總共跑了幾棵樹阿?~I[Pi>
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 u:mc
2.雖然可以預期相同的產地會在同一群)g23!
 4+'
但我想中部地區的結果是不是相當值得繼續討論的地方?tSj
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 |sP
3.對於利用大顎彎曲程度來區分地區型 是不是屬於一個synapomorphic$PZfc)
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 2
門外漢的我想說  如果利用收集更多該地區的樣品KF
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 2Y:^
以morphometric方式  將各種特徵做Parsimony analysis後`j
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 xet
再與CO1 tree進行交叉分析 是不是就可以得到結果阿?'f4%/6
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 VJ||
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 EFu^



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發表文章時間2006/10/19 08:44:00pm　IP: 已設定保密[本文共 603 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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下面引用由formosanus在 2006/10/19 08:44pm 發表的內容：=Co
對於這種用心探討的態度及勇氣相當佩服勒&xc
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 rQ
相信要做這些出來 您應該花了不少心力D
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 &DgB
成果也是有目共睹的勒+XeQ
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 n
自己雖然不是做系統發生的  %!VFg
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 C_z#4a
但是也稍微看過  對這種題目也蠻有興趣的Ah7
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 C--:X
所以從門外漢的角度  請教幾各問題勒8s"
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 i
1.總共跑了幾棵樹阿?PKZ
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 b:
2.雖然可以預期相同的產地會在同一群k(vq
但我想中部地區的結果是不是相當值得繼續討論的地方?k'B`
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 6C
3.對於利用大顎彎曲dVD

GN$?^
Maximum parsimony tree共有24條\nPd
我放的這一棵tree是這24條的consensus tree'DcW
那  我沒有放distance的tree(像NJ之類的)W
Baysian跟Maximun likelihood也許等data多一點再一起做zw}
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 w'
中部的族群的確很有趣Q
不過還必需要累積更多一點來自中部不同地方的個體V(Cjk=
這題目是當然很好玩  值得做下去的*@r6&A
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 2
至於型態  對我來說最大的問題kvK*A
應該是如何去加權(coding是這樣翻譯吧)+_bCv
這方面我比較不熟  不過這是可以拿來分析,rb
而且會讓結果更完整的方法Aac[n
總之  一切都還在摸索  謝謝你的建議-,'o.q
我也希望可以試試看(zuK@]



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發表文章時間2006/10/21 10:51:29pm　IP: 已設定保密[本文共 996 位元組]　 
 chengtw 
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  就學術的角度來看是相當不錯{ I8
所得到的結果可否能有實務上的應用6paub+
不是說學術領域的探討不重要7d?e
畢竟現在的社會就是這樣:4ri
研究結果能夠有效的應用@pej
政府才有可能投入更多的經費0kl60
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ?
以前唸書的時候cd?iBK
希望可以把鰻魚的抗凍基因應用在香魚身上SB
但是要做的事情實在太多-?W
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 "jP0ha
希望有更多的人投入這類的研究$Wl)Ne



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發表文章時間2006/11/21 11:45:20am　IP: 已設定保密[本文共 318 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  務實的應用可能比較難，因為我當時想的都是對氣候變遷，1l
或是環境及地理變化對對生物遺傳結構的影響。不過您說的!y5keI
也是很重要的一環，這也是我們對害蟲防治會投入比較多的0]l>vk
資金和注意，他和我們生活息息相關。/1
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 3q`9
而我這一方向的研究，其實也很有應用的價值，可以重過去\m]
的氣候變化，還有現金的遺傳結構來看氣候環境變遷對物種=m
的影響。另一方面，演化學的理論和研究也應用很多在流行:)Rj<B
病學。所以雖然和生活及經濟活動沒有直接的關係，但其實3;Ls
此研究對整個社會的影響還是有的。+AF(
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Xo,8^W
隔了四年才發現有問題沒有回覆，真是抱歉！dWQ



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發表文章時間2010/12/20 02:45:59am　IP: 已設定保密[本文共 528 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  [這篇文章最後由airbugsHuang在 2010/12/19 06:11pm 第 2 次編輯]VaCP
這一個研究今年終於刊登出來了！&\ ~N
一直都因為研究裡面有的個體太少，所以寫討論和結果比較難。)!%
不過至少結果是很好玩的，所以期刊相信有興趣的人還是很多。/x
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 7/B
題目是：Y~E#6
Diversification in subtropical mountains: phylogeography, Pleistocene demographic expansion, and evolution of polyphenic mandibles in Taiwanese stag beetle, Lucanus formosanus.\v;
刊登在： Molecular Phylogenetics and Evolution, 57, 1149-1161-%I#h
連結在：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20971199]
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 w4
內容主要有（一）更新世後期的氣候變化，可能與台灣深山有一個粒線體支系當時族群量大量擴張有關係（全台廣布的支系），而另外一個分布比較侷限的支系（阿里山支系）就沒有這一個現象。0
（二）另外就是主要山脈的族群之間有很顯著的過去基因交流，這個基因交流很少可以越過中央山脈，但是可以繞著中央山脈使各個族群之間的遺傳結構連接在一起。%-F
（三）各個山脈之間有顯著的”型態分化”，其中又以東部和中央山脈西部的族群可以看大顎的型態就區分開來。這些應該大家之前都知道了，但是這一篇文章有數據。K9@Hsu
（四）最後一部分就是族群間型態的差異和分子差異是”沒有”相關性的，型態和分子的差異都是地理分隔距離造成的結果，住的越近的人長得越像彼此之間的親緣關係也比較接近，但是親源關係不會決定台灣深山長的樣子。hSX



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發表文章時間2010/12/20 03:00:07am　IP: 已設定保密[本文共 1257 位元組]　 

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快速回覆主題: [討論]台灣深山鍬形蟲
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