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 * 文章主題： [討論]台灣深山鍬形蟲 本文章有問題，傳送短訊息報告給版主  加到我的最愛&關注本文章  顯示可列印的版本  把本文章打包郵寄  把本文章加到我的最愛  傳送本頁面給朋友   
 airbugsHuang 

 

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  [這篇文章最後由airbugsHuang在 2011/01/05 06:06pm 第 2 次編輯]d
這一篇文章po在這其實是我不知道要po在哪比較好 在台灣鍬形蟲的圖鑑裡面"i
遇到有台灣深山的時候  通常都會說：qfSZzy
台灣深山有分成北部型、中部型以及南部型三種VuiK
最近在論壇上面看到  有人也覺得有東部型"
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ^U
所以難免會讓人想知道Ld
它們這樣的變化是一定的嗎(這個需要量很多標本)X5U
或是  這些型態上又差別的族群是不是也已經在遺傳上有差異]a9
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 E`NI
很多的書都寫著  這樣的關係值得深入去探討CM*h.)
但是目前為止還沒找到相關的paper有對台灣深山的討論Y|tB?
因此  最近收到一些標本的我  就先把手頭上有的個體分析Wx
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 n/v{c2
我所用的方法  是以分子層次的變化來比較各族群之間的關係%x}
用這個方法得到資料比較快  而且我也比較熟悉A)E6
(用養的要花很久的時間、很多的空間，對我來說比較困難)_%r
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 6>JvYH
以下是我有的個體分佈圖gI-n}*
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 /VM`'-
此主題相關圖片如下：nQ}S;*
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8d
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 0ks;M7
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 FS^,
(圖片是用許老師2000年paper中的台灣圖修改)X
最北邊紅色的部分為北縣三峽以及烏來kUU:
下方紅色為北橫巴嶺及拉拉山Q!YFM
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 6ec
中部藍色為溪頭及杉林溪%P~uA
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 `
南部綠色為阿里山  及東部的利佳林道和南橫栗園L"d%1k
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 tQ@R.
東部灰色是瑞穗林道7
(論壇如果不能公布地點，請告訴我，我會把這一段d掉)4U|]"
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 !(05d
一樣的顏色是之前我比較常看到大家所說的各個型分佈位置$B
有一點與現今台灣政治顏色相同  所以這樣標ovO<'$
如果看了不舒服  非常抱歉YNA
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 u2
一開始我所選擇的Gene Region有mt CO1 region及mt16SrDNAyO0
(NCBI上面這兩段基因序列使用分享最多)~V
後來知道現在bar coding是用CO1  所以我就用CO1來分析$3mwz
CO1在粒線體的位置如下:h2jhk
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 `:tW
此主題相關圖片如下：2
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Da
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 MMX
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 &i.
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 pH+:m
我所使用的primer pair是simon(1994)的insect universal primers5 #A
Foreward : C1-J-1751 及 Reverse: TL-N-3014oljy_
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 T
此主題相關圖片如下：;n
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.ZhI
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 oEst-V
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 -n
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 @c
PCR之後 切膠純化  然後作TA cloning./o;BT
總共的長度是1302個basepairsTY3B<
(因為是universal primer pair，他不是很專一，直接定序不好看。而且S?^,u
1302個basepairs必須要再設計一組internal primersaK~=I
才能得到完整漂亮的序列，乾脆用clone比較方便 )r
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 G5T
選了Lucanus hermani及Lucanus laetus當外群)jzTCh
(期中Lucanus hermani與台灣深山長的很像  也許是姊妹群)b_
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 GSC-
用clustalV 作對齊(alignment是這樣翻嗎)+qn'Y
然後用Mega跑Parsimony analysis|S
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Z[^w$S
以下的圖是24個most parsimony tree的consensus treeNr\veR
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 p8eurq
此主題相關圖片如下：tk
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VYr)W
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ZZg}K2
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 #TX`
(TPss北縣三峽、TPwl北縣烏來、TYbl北橫巴領、TYlls北橫拉拉山kxX&9!
NTst南投溪頭、NTsls南投杉林溪、CYala嘉義阿里山、TDlc台東利佳林道A
TDly南橫栗園、HLjs花蓮瑞穗林道))$'>JT
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 3~5Y
從CO1的結果來看  台灣深山的各族群遺傳結構Y
已經在地理上有很明顯的分化(structured populations)<u~
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 M;o
大概分成中北部、中南部及東部三群u?+s\B
其中看的出來方向性  嘉義阿里山最先進來台灣`L<b
然後分成東部的族群  以及中北部的族群G\W
中部南投山區也許是北部及南部族群的重疊地帶sM
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Y'WcAP
此主題相關圖片如下：59Gq
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 3R-6L
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 _7M
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 HWD`0T
以上大概就是初步的結果xx
畢竟我每個地方的個體不多  而且點也很少?bh@,
所以你也可以不相信我的結果RA{%"
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 k]7;}z
無論如何2Ej4E
這是一個值得繼續作下去的題目eW^6}
至於各個地方的大顎為什麼會變化的那麼大wyDiQ'
我可以找到的相關文獻在這^!y_
http://web.thu.edu.tw/g942505/www/Population%20density%20drives%20the%20local%20evolution%20of%20a%20threshold%20dimorphism%20JLT%20&%20GSB%20Nature%202004.pdf[ntO"<
台灣深山似乎也有類似allometry的現象i1
族群密度比較高的地方大型雄蟲放到大顎的能量比較多}B4
族群密度地的地方似乎比較少5}Gx~
而這樣的結果在目前的分析看來  似乎有遺傳的差異純在了^YT/,
不過還是一句  我的sample size很小  他依舊可能是型態的可塑性-0h?%
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 54R3
大顎的彎曲程度也是大家在分產地的重點 /7Ew
但是我沒辦法和我的結果連想起來 相關資料也不多(大多是長度&重量)a L}U
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 weP ^6
以後還要多收集不同產地的台灣深山_QQ
以及多去博物館量外部型態特徵Zz63
(想要到交易版徵有確切產地的蟲，可是不敢 呵呵)c[+J%/
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 %n(;q
感謝很多送我標本的人3
裡面只有溪頭一隻是我自己抓的h^M
其他的夢蟲無我老闆提供很多  XIO+
嘉義大學的同學去年送我兩隻阿里山的個體等等JN+NL
非常感謝@,%~
外群是跟zozo買來的乾標本]=HB6e
(PS.只要是沒有發黴過或被蟲子吃過的乾標本，我都可以抽出DNA  得意中)v4^;
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 kWu
好了  在論壇潛水很久  好像做了一點事  哈哈!}fetC
希望畢業前這個alternative作的完  "或是有人接"(變向的招收學生)E



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Dynastes & Xylotrupes Systematics, Demographic History, and Statistical Phylogeography in Progress...


發表文章時間2006/10/08 03:25:55pm　IP: 已設定保密[本文共 4042 位元組]　 
 kefarm 




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  好文值得大力推[M,~,4
請問是否有鍬形蟲體型相關基因被cloned 或identifiedCa}m
mt CO1 和體型的相關性???/量的關係存在嗎???n;4n



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發表文章時間2006/10/16 10:41:36am　IP: 已設定保密[本文共 141 位元組]　 
 thegame0930 

 

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  鍬形蟲體型相關基因應該是還沒被cloned 或identifiedS).ar
樓主用的基因應該是粒線體DNA吧4
是一段較不會變異的DNA7
常常用來鑑定種源關係(h@@R
跟體型沒啥關係(有錯請指正)p0}3
樓主真是厲害...學以致用,A



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發表文章時間2006/10/16 10:04:43pm　IP: 已設定保密[本文共 216 位元組]　 
 kefarm 




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下面引用由thegame0930在 2006/10/16 10:04pm 發表的內容：1lYa
鍬形蟲體型相關基因應該是還沒被cloned 或identifiedvx
樓主用的基因應該是粒線體DNA吧o
是一段較不會變異的DNAc
常常用來鑑定種源關係Yh
...©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 jx,;<:

jh^^
粒線體DNA和應該體形基因無關aBD^
我只是想說拿鍬形虫當材料\]y}[C
比果蠅辛苦多多"{L4
也許昆蟲體形基因在果蠅研究已被証實3
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Y-5q
好久沒在這領域M
生疏了/
若有不當n
請多擔待Wf.oD
謝謝!!fgg~B



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發表文章時間2006/10/17 08:09:49am　IP: 已設定保密[本文共 437 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  粒線體DNA與體型應該是沒有關係的dk7iCl
畢竟它不是核DNAZG}6=X
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 #Q
它在細胞裡面是用來產生能量TC+9`
基本上會選這一段來做是因為它比較好做el~MHF
而且  (雖然我還沒跑過檢測)  它應該比較中性=42D
用來做親源地理的分析比較方便{'7(Q*
等資料完整之後可以回推分枝點的時間z
方便與一些地質事件做結合討論wbh
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 v~m
所以討論親源關係大多會選擇做這些homology的tree>
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 9'"[
當然也可以選做homoplasy的tree%VcS
選發育大顎的gene~dn3P
這樣會比較類似討論大顎工能的演化Z4
親源比較遠的系群可能會因為有類似的選擇壓力Z^_W^
使得它們這一段gene相似度較高L
以上要做也是可以的T=JOX
只是比較難N
(個人覺的核DNA要比粒線體DNA要難PCR  而且primer序列應該只有果蠅的)CH>
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 SS
至於鍬形蟲體型相關的gene  現在應該還沒有identify出來{7D
這個要做其實也不難  只要有錢/*
先做完library  再用micro array看長大顎的時後表現那一些gene就行wh
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 OyZn
但知道了是那一個gene之後  其實也沒什麼用,Kq
很多人想的到over expression就會比較大隻p0b>Fc
或是做knock in "beetle"+;AG
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 u\<F4
我只能說老鼠都以經被人類做很久了$O-a
knock out的買來還是貴的要死i=s
這部份現在要發展在甲蟲  不會有人想支持及花錢的IWY
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 %CQj
不知道有沒有離題 T|'



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發表文章時間2006/10/17 10:38:18pm　IP: 已設定保密[本文共 1082 位元組]　 
 formosanus 
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  對於這種用心探討的態度及勇氣相當佩服勒}#
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 j;KR
相信要做這些出來 您應該花了不少心力)7*
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 sce
成果也是有目共睹的勒;mx
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 G
自己雖然不是做系統發生的  uf
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 [ 2
但是也稍微看過  對這種題目也蠻有興趣的yx
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 I7z::
所以從門外漢的角度  請教幾各問題勒2K=]5
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Y
1.總共跑了幾棵樹阿?XOPz^
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 m[P{+
2.雖然可以預期相同的產地會在同一群U
 UC0y
但我想中部地區的結果是不是相當值得繼續討論的地方?@@g
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 [I
3.對於利用大顎彎曲程度來區分地區型 是不是屬於一個synapomorphicd~aAV
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 }
門外漢的我想說  如果利用收集更多該地區的樣品H_o
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Z{n.
以morphometric方式  將各種特徵做Parsimony analysis後O]k
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 C3+9
再與CO1 tree進行交叉分析 是不是就可以得到結果阿?+j
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 L
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 %&



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發表文章時間2006/10/19 08:44:00pm　IP: 已設定保密[本文共 603 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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下面引用由formosanus在 2006/10/19 08:44pm 發表的內容：D
對於這種用心探討的態度及勇氣相當佩服勒JbQ)tk
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 P:'$
相信要做這些出來 您應該花了不少心力'
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 3n^K
成果也是有目共睹的勒@oT{
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ~0tY{
自己雖然不是做系統發生的  D?
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 bo:Ic9
但是也稍微看過  對這種題目也蠻有興趣的qG:jp
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 6wF9zE
所以從門外漢的角度  請教幾各問題勒F3|
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 =0b'\?
1.總共跑了幾棵樹阿?\&g
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 0*k
2.雖然可以預期相同的產地會在同一群[Vk~
但我想中部地區的結果是不是相當值得繼續討論的地方?Rf>
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 pyq?
3.對於利用大顎彎曲rv

L
Maximum parsimony tree共有24條b3P&(k
我放的這一棵tree是這24條的consensus tree2
那  我沒有放distance的tree(像NJ之類的)NnYl
Baysian跟Maximun likelihood也許等data多一點再一起做PQ4C
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 1YBr
中部的族群的確很有趣0q}!(c
不過還必需要累積更多一點來自中部不同地方的個體#u:
這題目是當然很好玩  值得做下去的Vv
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 u\wowt
至於型態  對我來說最大的問題;-J<X&
應該是如何去加權(coding是這樣翻譯吧)oahPs$
這方面我比較不熟  不過這是可以拿來分析>
而且會讓結果更完整的方法R
總之  一切都還在摸索  謝謝你的建議FtZwg0
我也希望可以試試看aDUx\v



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發表文章時間2006/10/21 10:51:29pm　IP: 已設定保密[本文共 996 位元組]　 
 chengtw 
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  就學術的角度來看是相當不錯pQ
所得到的結果可否能有實務上的應用z;
不是說學術領域的探討不重要-7IuRq
畢竟現在的社會就是這樣biY`=0
研究結果能夠有效的應用F5Q
政府才有可能投入更多的經費qa|xV
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 8
以前唸書的時候V
希望可以把鰻魚的抗凍基因應用在香魚身上{6u;F
但是要做的事情實在太多9,+"J
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ~p
希望有更多的人投入這類的研究mq"~Pi



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發表文章時間2006/11/21 11:45:20am　IP: 已設定保密[本文共 318 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  務實的應用可能比較難，因為我當時想的都是對氣候變遷，$dG\
或是環境及地理變化對對生物遺傳結構的影響。不過您說的GXPP5
也是很重要的一環，這也是我們對害蟲防治會投入比較多的Tc:6-
資金和注意，他和我們生活息息相關。n\
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ?o~pr
而我這一方向的研究，其實也很有應用的價值，可以重過去ZX
的氣候變化，還有現金的遺傳結構來看氣候環境變遷對物種{a:{J
的影響。另一方面，演化學的理論和研究也應用很多在流行sa,5
病學。所以雖然和生活及經濟活動沒有直接的關係，但其實^5(X
此研究對整個社會的影響還是有的。_
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 p5B%/
隔了四年才發現有問題沒有回覆，真是抱歉！*@0



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發表文章時間2010/12/20 02:45:59am　IP: 已設定保密[本文共 528 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  [這篇文章最後由airbugsHuang在 2010/12/19 06:11pm 第 2 次編輯]8{Ff
這一個研究今年終於刊登出來了！+f
一直都因為研究裡面有的個體太少，所以寫討論和結果比較難。Kr\KfO
不過至少結果是很好玩的，所以期刊相信有興趣的人還是很多。P
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 N`/Y
題目是：|HOT"
Diversification in subtropical mountains: phylogeography, Pleistocene demographic expansion, and evolution of polyphenic mandibles in Taiwanese stag beetle, Lucanus formosanus.t!gc
刊登在： Molecular Phylogenetics and Evolution, 57, 1149-11610r
連結在：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/209711999K@Ct
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 `)u
內容主要有（一）更新世後期的氣候變化，可能與台灣深山有一個粒線體支系當時族群量大量擴張有關係（全台廣布的支系），而另外一個分布比較侷限的支系（阿里山支系）就沒有這一個現象。Dx?
（二）另外就是主要山脈的族群之間有很顯著的過去基因交流，這個基因交流很少可以越過中央山脈，但是可以繞著中央山脈使各個族群之間的遺傳結構連接在一起。Wc
（三）各個山脈之間有顯著的”型態分化”，其中又以東部和中央山脈西部的族群可以看大顎的型態就區分開來。這些應該大家之前都知道了，但是這一篇文章有數據。Y^b.
（四）最後一部分就是族群間型態的差異和分子差異是”沒有”相關性的，型態和分子的差異都是地理分隔距離造成的結果，住的越近的人長得越像彼此之間的親緣關係也比較接近，但是親源關係不會決定台灣深山長的樣子。9%B\p



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