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 * 文章主題： [討論]台灣深山鍬形蟲 本文章有問題，傳送短訊息報告給版主  加到我的最愛&關注本文章  顯示可列印的版本  把本文章打包郵寄  把本文章加到我的最愛  傳送本頁面給朋友   
 airbugsHuang 

 

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  [這篇文章最後由airbugsHuang在 2011/01/05 06:06pm 第 2 次編輯]SUJZZA
這一篇文章po在這其實是我不知道要po在哪比較好 在台灣鍬形蟲的圖鑑裡面Q
遇到有台灣深山的時候  通常都會說：)eR
台灣深山有分成北部型、中部型以及南部型三種.`w;*j
最近在論壇上面看到  有人也覺得有東部型OjAU??
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 1bE-A
所以難免會讓人想知道}K"AL;
它們這樣的變化是一定的嗎(這個需要量很多標本)CMh|g
或是  這些型態上又差別的族群是不是也已經在遺傳上有差異c
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 "
很多的書都寫著  這樣的關係值得深入去探討dVA
但是目前為止還沒找到相關的paper有對台灣深山的討論1Ve
因此  最近收到一些標本的我  就先把手頭上有的個體分析d
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 `^
我所用的方法  是以分子層次的變化來比較各族群之間的關係]I$ oV
用這個方法得到資料比較快  而且我也比較熟悉pI1&i
(用養的要花很久的時間、很多的空間，對我來說比較困難)Z
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 IeC
以下是我有的個體分佈圖3#
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Z>zj;
此主題相關圖片如下：eLBs!
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`2Z)8u
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 JJ5
(圖片是用許老師2000年paper中的台灣圖修改)OTXH
最北邊紅色的部分為北縣三峽以及烏來I
下方紅色為北橫巴嶺及拉拉山TmJ
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Z)UC
中部藍色為溪頭及杉林溪`x
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 &Db
南部綠色為阿里山  及東部的利佳林道和南橫栗園Pb
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 A|l9
東部灰色是瑞穗林道h
(論壇如果不能公布地點，請告訴我，我會把這一段d掉)\H*1z
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 n
一樣的顏色是之前我比較常看到大家所說的各個型分佈位置^J
有一點與現今台灣政治顏色相同  所以這樣標!&&8q
如果看了不舒服  非常抱歉){7E
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 vb
一開始我所選擇的Gene Region有mt CO1 region及mt16SrDNA0np
(NCBI上面這兩段基因序列使用分享最多)*LU'"[
後來知道現在bar coding是用CO1  所以我就用CO1來分析o<
CO1在粒線體的位置如下:?P'
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 EM
此主題相關圖片如下：F5~
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+J{I
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ocKp
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ":\
我所使用的primer pair是simon(1994)的insect universal primers?W}Jr
Foreward : C1-J-1751 及 Reverse: TL-N-3014BA
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 a2
此主題相關圖片如下：.("
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AAl
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ;K[f
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 p1~<F
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 (xk.24
PCR之後 切膠純化  然後作TA cloning.-3Cm
總共的長度是1302個basepairsj@2h
(因為是universal primer pair，他不是很專一，直接定序不好看。而且`i{`
1302個basepairs必須要再設計一組internal primersRI
才能得到完整漂亮的序列，乾脆用clone比較方便 )Qi
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 c
選了Lucanus hermani及Lucanus laetus當外群~ "|L.
(期中Lucanus hermani與台灣深山長的很像  也許是姊妹群)j
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 $c*|y
用clustalV 作對齊(alignment是這樣翻嗎)!S
然後用Mega跑Parsimony analysis:a
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ;Tbr
以下的圖是24個most parsimony tree的consensus tree7
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 63
此主題相關圖片如下：+?z3g
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}~&
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 zpjr"<
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ~`o"7
(TPss北縣三峽、TPwl北縣烏來、TYbl北橫巴領、TYlls北橫拉拉山Hmj
NTst南投溪頭、NTsls南投杉林溪、CYala嘉義阿里山、TDlc台東利佳林道::U
TDly南橫栗園、HLjs花蓮瑞穗林道)m_R=
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 h#p&Ty
從CO1的結果來看  台灣深山的各族群遺傳結構 ^
已經在地理上有很明顯的分化(structured populations)9G?
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 NxDeu$
大概分成中北部、中南部及東部三群`
其中看的出來方向性  嘉義阿里山最先進來台灣ZANI:
然後分成東部的族群  以及中北部的族群w7
中部南投山區也許是北部及南部族群的重疊地帶Bb
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ?_
此主題相關圖片如下：[*|
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 X:/WF
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Kf.mMz
以上大概就是初步的結果o]Q[fK
畢竟我每個地方的個體不多  而且點也很少Z
所以你也可以不相信我的結果_n
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 m'f
無論如何H0ss
這是一個值得繼續作下去的題目ORWk-|
至於各個地方的大顎為什麼會變化的那麼大GT>@
我可以找到的相關文獻在這piuRC)
http://web.thu.edu.tw/g942505/www/Population%20density%20drives%20the%20local%20evolution%20of%20a%20threshold%20dimorphism%20JLT%20&%20GSB%20Nature%202004.pdfipai
台灣深山似乎也有類似allometry的現象5$g@67
族群密度比較高的地方大型雄蟲放到大顎的能量比較多Rjx[
族群密度地的地方似乎比較少iVjO{
而這樣的結果在目前的分析看來  似乎有遺傳的差異純在了/i!+Am
不過還是一句  我的sample size很小  他依舊可能是型態的可塑性C{
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 &$,ns(
大顎的彎曲程度也是大家在分產地的重點eKRK
但是我沒辦法和我的結果連想起來 相關資料也不多(大多是長度&重量)W9cZ&
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 IDY]i
以後還要多收集不同產地的台灣深山F }mD
以及多去博物館量外部型態特徵I^ )C
(想要到交易版徵有確切產地的蟲，可是不敢 呵呵)3d(
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 6
感謝很多送我標本的人^R
裡面只有溪頭一隻是我自己抓的HF
其他的夢蟲無我老闆提供很多  6M3P
嘉義大學的同學去年送我兩隻阿里山的個體等等B
非常感謝IQ
外群是跟zozo買來的乾標本6U
(PS.只要是沒有發黴過或被蟲子吃過的乾標本，我都可以抽出DNA  得意中)nsU$
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 1)
好了  在論壇潛水很久  好像做了一點事  哈哈8>)\
希望畢業前這個alternative作的完  "或是有人接"(變向的招收學生)jPL



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發表文章時間2006/10/08 03:25:55pm　IP: 已設定保密[本文共 4042 位元組]　 
 kefarm 




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  好文值得大力推H(HUjQ
請問是否有鍬形蟲體型相關基因被cloned 或identifiedN
mt CO1 和體型的相關性???/量的關係存在嗎???^9"



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發表文章時間2006/10/16 10:41:36am　IP: 已設定保密[本文共 141 位元組]　 
 thegame0930 

 

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  鍬形蟲體型相關基因應該是還沒被cloned 或identified>E1N
樓主用的基因應該是粒線體DNA吧DZK(#
是一段較不會變異的DNA/TQp~`
常常用來鑑定種源關係b|#\
跟體型沒啥關係(有錯請指正)Ab
樓主真是厲害...學以致用MR d



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發表文章時間2006/10/16 10:04:43pm　IP: 已設定保密[本文共 216 位元組]　 
 kefarm 




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下面引用由thegame0930在 2006/10/16 10:04pm 發表的內容：J,tVe=
鍬形蟲體型相關基因應該是還沒被cloned 或identifiedT5,#7
樓主用的基因應該是粒線體DNA吧G
是一段較不會變異的DNAG
常常用來鑑定種源關係l]4EwW
...©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 g

jg:;$
粒線體DNA和應該體形基因無關9z
我只是想說拿鍬形虫當材料ze0
比果蠅辛苦多多~
也許昆蟲體形基因在果蠅研究已被証實NnVsj*
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 @ti
好久沒在這領域O)C
生疏了^S"
若有不當58n.6
請多擔待8$\U7
謝謝!!CLpH1N



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發表文章時間2006/10/17 08:09:49am　IP: 已設定保密[本文共 437 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  粒線體DNA與體型應該是沒有關係的Xd`
畢竟它不是核DNAA!&
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 %%l
它在細胞裡面是用來產生能量6&U
基本上會選這一段來做是因為它比較好做xy8O@
而且  (雖然我還沒跑過檢測)  它應該比較中性qf>
用來做親源地理的分析比較方便w,
等資料完整之後可以回推分枝點的時間T<tEe
方便與一些地質事件做結合討論q?j|J
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 J{
所以討論親源關係大多會選擇做這些homology的treeM<x
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ~
當然也可以選做homoplasy的treeh_B=
選發育大顎的gene:y
這樣會比較類似討論大顎工能的演化+0FEIL
親源比較遠的系群可能會因為有類似的選擇壓力\\O
使得它們這一段gene相似度較高,(eb
以上要做也是可以的{_
只是比較難'
(個人覺的核DNA要比粒線體DNA要難PCR  而且primer序列應該只有果蠅的)*4%2
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ?
至於鍬形蟲體型相關的gene  現在應該還沒有identify出來v=J\
這個要做其實也不難  只要有錢aF*k
先做完library  再用micro array看長大顎的時後表現那一些gene就行:G
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 15v[
但知道了是那一個gene之後  其實也沒什麼用a,K
很多人想的到over expression就會比較大隻avyG'
或是做knock in "beetle";t#pa]
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 "+e
我只能說老鼠都以經被人類做很久了AE
knock out的買來還是貴的要死Q~x
這部份現在要發展在甲蟲  不會有人想支持及花錢的+
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 A+.?k
不知道有沒有離題 ,



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發表文章時間2006/10/17 10:38:18pm　IP: 已設定保密[本文共 1082 位元組]　 
 formosanus 
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  對於這種用心探討的態度及勇氣相當佩服勒G]{
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 }9;
相信要做這些出來 您應該花了不少心力C\F
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 hdx
成果也是有目共睹的勒H%**
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 P+
自己雖然不是做系統發生的  Zx!|)
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ?[Z?
但是也稍微看過  對這種題目也蠻有興趣的\z9_J^
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ?//ja[
所以從門外漢的角度  請教幾各問題勒[;
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ]6
1.總共跑了幾棵樹阿?Ld
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 _
2.雖然可以預期相同的產地會在同一群C}9
 j'K@}
但我想中部地區的結果是不是相當值得繼續討論的地方?LOoRzq
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 v}Q5
3.對於利用大顎彎曲程度來區分地區型 是不是屬於一個synapomorphicME},!
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 g.?
門外漢的我想說  如果利用收集更多該地區的樣品:
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 &4RgX
以morphometric方式  將各種特徵做Parsimony analysis後"
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 b~CM
再與CO1 tree進行交叉分析 是不是就可以得到結果阿?\f
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 8l0jk
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 {Z2



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發表文章時間2006/10/19 08:44:00pm　IP: 已設定保密[本文共 603 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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下面引用由formosanus在 2006/10/19 08:44pm 發表的內容：/C,Trk
對於這種用心探討的態度及勇氣相當佩服勒@S|(Wb
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 1A
相信要做這些出來 您應該花了不少心力4!
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ,
成果也是有目共睹的勒,P$;u
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ;3r,
自己雖然不是做系統發生的  ^LBe
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 >
但是也稍微看過  對這種題目也蠻有興趣的~[l}
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 >nNu
所以從門外漢的角度  請教幾各問題勒>
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 -:YXN
1.總共跑了幾棵樹阿?M}/:I
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 QLR
2.雖然可以預期相同的產地會在同一群J
但我想中部地區的結果是不是相當值得繼續討論的地方?7}sAO
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 qa
3.對於利用大顎彎曲S+

-2)mj
Maximum parsimony tree共有24條F
我放的這一棵tree是這24條的consensus treeHEr
那  我沒有放distance的tree(像NJ之類的):oFfR
Baysian跟Maximun likelihood也許等data多一點再一起做9
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 X@/
中部的族群的確很有趣G{@KW
不過還必需要累積更多一點來自中部不同地方的個體#A
這題目是當然很好玩  值得做下去的E^Qa
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ZX%
至於型態  對我來說最大的問題y FCEP
應該是如何去加權(coding是這樣翻譯吧)yN
這方面我比較不熟  不過這是可以拿來分析+J
而且會讓結果更完整的方法1
總之  一切都還在摸索  謝謝你的建議(j!
我也希望可以試試看4!



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發表文章時間2006/10/21 10:51:29pm　IP: 已設定保密[本文共 996 位元組]　 
 chengtw 
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  就學術的角度來看是相當不錯Gn2
所得到的結果可否能有實務上的應用`
不是說學術領域的探討不重要})$8
畢竟現在的社會就是這樣c&
研究結果能夠有效的應用PV+Erh
政府才有可能投入更多的經費m*JT)
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ,*9.
以前唸書的時候L
希望可以把鰻魚的抗凍基因應用在香魚身上R
但是要做的事情實在太多qERrGf
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 {>$F
希望有更多的人投入這類的研究#,lGv/



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發表文章時間2006/11/21 11:45:20am　IP: 已設定保密[本文共 318 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  務實的應用可能比較難，因為我當時想的都是對氣候變遷，zvZ
或是環境及地理變化對對生物遺傳結構的影響。不過您說的d
也是很重要的一環，這也是我們對害蟲防治會投入比較多的A
資金和注意，他和我們生活息息相關。VD
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Y;(oy-
而我這一方向的研究，其實也很有應用的價值，可以重過去Cx
的氣候變化，還有現金的遺傳結構來看氣候環境變遷對物種H9
的影響。另一方面，演化學的理論和研究也應用很多在流行I?fa
病學。所以雖然和生活及經濟活動沒有直接的關係，但其實fj\f3;
此研究對整個社會的影響還是有的。^AG7
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 6fUs'
隔了四年才發現有問題沒有回覆，真是抱歉！T



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發表文章時間2010/12/20 02:45:59am　IP: 已設定保密[本文共 528 位元組]　 
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  [這篇文章最後由airbugsHuang在 2010/12/19 06:11pm 第 2 次編輯]Ag
這一個研究今年終於刊登出來了！FylV
一直都因為研究裡面有的個體太少，所以寫討論和結果比較難。nkE
不過至少結果是很好玩的，所以期刊相信有興趣的人還是很多。G
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 -W
題目是：g
Diversification in subtropical mountains: phylogeography, Pleistocene demographic expansion, and evolution of polyphenic mandibles in Taiwanese stag beetle, Lucanus formosanus.(
刊登在： Molecular Phylogenetics and Evolution, 57, 1149-1161zV
連結在：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20971199Ff
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 %FCr
內容主要有（一）更新世後期的氣候變化，可能與台灣深山有一個粒線體支系當時族群量大量擴張有關係（全台廣布的支系），而另外一個分布比較侷限的支系（阿里山支系）就沒有這一個現象。o0+
（二）另外就是主要山脈的族群之間有很顯著的過去基因交流，這個基因交流很少可以越過中央山脈，但是可以繞著中央山脈使各個族群之間的遺傳結構連接在一起。d#
（三）各個山脈之間有顯著的”型態分化”，其中又以東部和中央山脈西部的族群可以看大顎的型態就區分開來。這些應該大家之前都知道了，但是這一篇文章有數據。#(
（四）最後一部分就是族群間型態的差異和分子差異是”沒有”相關性的，型態和分子的差異都是地理分隔距離造成的結果，住的越近的人長得越像彼此之間的親緣關係也比較接近，但是親源關係不會決定台灣深山長的樣子。hn-



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發表文章時間2010/12/20 03:00:07am　IP: 已設定保密[本文共 1257 位元組]　 

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