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 airbugsHuang 

 

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  [這篇文章最後由airbugsHuang在 2011/01/05 06:06pm 第 2 次編輯]^
這一篇文章po在這其實是我不知道要po在哪比較好 在台灣鍬形蟲的圖鑑裡面?J
遇到有台灣深山的時候  通常都會說：8Xvsr
台灣深山有分成北部型、中部型以及南部型三種:
最近在論壇上面看到  有人也覺得有東部型PJ~;
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ~`
所以難免會讓人想知道j
它們這樣的變化是一定的嗎(這個需要量很多標本)_7 oXz
或是  這些型態上又差別的族群是不是也已經在遺傳上有差異q4&XU
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 FZi
很多的書都寫著  這樣的關係值得深入去探討sJbf;R
但是目前為止還沒找到相關的paper有對台灣深山的討論#^|
因此  最近收到一些標本的我  就先把手頭上有的個體分析4
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ~8R[
我所用的方法  是以分子層次的變化來比較各族群之間的關係(Mjl@V
用這個方法得到資料比較快  而且我也比較熟悉|q
(用養的要花很久的時間、很多的空間，對我來說比較困難)i$`\
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ^
以下是我有的個體分佈圖ROO"F?
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 5,z.0
此主題相關圖片如下：SI+^oT
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2,W8'Q
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 8Kl
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ~euf
(圖片是用許老師2000年paper中的台灣圖修改)La
最北邊紅色的部分為北縣三峽以及烏來w?Q
下方紅色為北橫巴嶺及拉拉山zn;^
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 +
中部藍色為溪頭及杉林溪fV
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 &eT+r
南部綠色為阿里山  及東部的利佳林道和南橫栗園Y$LS
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 to4|LI
東部灰色是瑞穗林道S:j
(論壇如果不能公布地點，請告訴我，我會把這一段d掉)?3V~
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 &
一樣的顏色是之前我比較常看到大家所說的各個型分佈位置[Y[>Cf
有一點與現今台灣政治顏色相同  所以這樣標Xj<
如果看了不舒服  非常抱歉~HM{X7
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Lh
一開始我所選擇的Gene Region有mt CO1 region及mt16SrDNAXa\}]
(NCBI上面這兩段基因序列使用分享最多)rx"{xV
後來知道現在bar coding是用CO1  所以我就用CO1來分析E!
CO1在粒線體的位置如下:lE(dm
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ;>$u4
此主題相關圖片如下：|
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W"Ljg
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 w'p1
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ,^?x(
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ZXiRV
我所使用的primer pair是simon(1994)的insect universal primerssDfu
Foreward : C1-J-1751 及 Reverse: TL-N-3014#<K7
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 6
此主題相關圖片如下：#I
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4'|tyQ
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 j
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 (
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PCR之後 切膠純化  然後作TA cloning.rP
總共的長度是1302個basepairsQooJ
(因為是universal primer pair，他不是很專一，直接定序不好看。而且*by/
1302個basepairs必須要再設計一組internal primersH
才能得到完整漂亮的序列，乾脆用clone比較方便 )&U(D
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 C/J\n{
選了Lucanus hermani及Lucanus laetus當外群_Fy2&X
(期中Lucanus hermani與台灣深山長的很像  也許是姊妹群)G)LLIn
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Ob]E3
用clustalV 作對齊(alignment是這樣翻嗎))Z
然後用Mega跑Parsimony analysisNkTP/"
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 '_
以下的圖是24個most parsimony tree的consensus tree+?>ST|
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 J?
此主題相關圖片如下：?=bB
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4S2rS
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 @l2
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 h
(TPss北縣三峽、TPwl北縣烏來、TYbl北橫巴領、TYlls北橫拉拉山_yl
NTst南投溪頭、NTsls南投杉林溪、CYala嘉義阿里山、TDlc台東利佳林道 &u
TDly南橫栗園、HLjs花蓮瑞穗林道)`@
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 L
從CO1的結果來看  台灣深山的各族群遺傳結構XhIl.V
已經在地理上有很明顯的分化(structured populations)7Kn
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 #cEU
大概分成中北部、中南部及東部三群",
其中看的出來方向性  嘉義阿里山最先進來台灣z9z
然後分成東部的族群  以及中北部的族群+~%h_
中部南投山區也許是北部及南部族群的重疊地帶j
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Dg
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u!*3/I
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 |j
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 j0bG^
以上大概就是初步的結果k#2\mq
畢竟我每個地方的個體不多  而且點也很少#|.z
所以你也可以不相信我的結果M?_PY
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 `yJ
無論如何7Qv%Q
這是一個值得繼續作下去的題目B*6
至於各個地方的大顎為什麼會變化的那麼大_
我可以找到的相關文獻在這g?
http://web.thu.edu.tw/g942505/www/Population%20density%20drives%20the%20local%20evolution%20of%20a%20threshold%20dimorphism%20JLT%20&%20GSB%20Nature%202004.pdf86!uNv
台灣深山似乎也有類似allometry的現象N
族群密度比較高的地方大型雄蟲放到大顎的能量比較多I`
族群密度地的地方似乎比較少[\A4G
而這樣的結果在目前的分析看來  似乎有遺傳的差異純在了#ubA(g
不過還是一句  我的sample size很小  他依舊可能是型態的可塑性,wXFL%
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 o
大顎的彎曲程度也是大家在分產地的重點(2fh
但是我沒辦法和我的結果連想起來 相關資料也不多(大多是長度&重量)GKo
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 k-(fx%
以後還要多收集不同產地的台灣深山0u
以及多去博物館量外部型態特徵u|Z
(想要到交易版徵有確切產地的蟲，可是不敢 呵呵)%e{N5A
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 B?n
感謝很多送我標本的人WTf
裡面只有溪頭一隻是我自己抓的SzL
其他的夢蟲無我老闆提供很多  c|
嘉義大學的同學去年送我兩隻阿里山的個體等等N
非常感謝X&b
外群是跟zozo買來的乾標本t8u
(PS.只要是沒有發黴過或被蟲子吃過的乾標本，我都可以抽出DNA  得意中)UYY=l
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 L8
好了  在論壇潛水很久  好像做了一點事  哈哈'n3
希望畢業前這個alternative作的完  "或是有人接"(變向的招收學生)&v



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Dynastes & Xylotrupes Systematics, Demographic History, and Statistical Phylogeography in Progress...


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 kefarm 




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  好文值得大力推m
請問是否有鍬形蟲體型相關基因被cloned 或identifiedI
mt CO1 和體型的相關性???/量的關係存在嗎???N



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發表文章時間2006/10/16 10:41:36am　IP: 已設定保密[本文共 141 位元組]　 
 thegame0930 

 

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  鍬形蟲體型相關基因應該是還沒被cloned 或identifiedk
樓主用的基因應該是粒線體DNA吧=K
是一段較不會變異的DNA/e-_
常常用來鑑定種源關係,YMRa
跟體型沒啥關係(有錯請指正)-t3
樓主真是厲害...學以致用d/



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發表文章時間2006/10/16 10:04:43pm　IP: 已設定保密[本文共 216 位元組]　 
 kefarm 




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下面引用由thegame0930在 2006/10/16 10:04pm 發表的內容：f
鍬形蟲體型相關基因應該是還沒被cloned 或identifiednA
樓主用的基因應該是粒線體DNA吧:d'
是一段較不會變異的DNA!vZg
常常用來鑑定種源關係}6]
...©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 3

lR
粒線體DNA和應該體形基因無關:)K+V
我只是想說拿鍬形虫當材料w?
比果蠅辛苦多多ClU
也許昆蟲體形基因在果蠅研究已被証實SQ)|
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 4E}1K
好久沒在這領域8,wcI
生疏了o
若有不當y+rU1)
請多擔待B
謝謝!!HSX,"



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發表文章時間2006/10/17 08:09:49am　IP: 已設定保密[本文共 437 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  粒線體DNA與體型應該是沒有關係的6yV
畢竟它不是核DNA4atgc
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 aY\
它在細胞裡面是用來產生能量L
基本上會選這一段來做是因為它比較好做;Ve.,?
而且  (雖然我還沒跑過檢測)  它應該比較中性D224uq
用來做親源地理的分析比較方便<N
等資料完整之後可以回推分枝點的時間cQ-GG1
方便與一些地質事件做結合討論]1@6
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 *
所以討論親源關係大多會選擇做這些homology的tree\@ W(5
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 f(2
當然也可以選做homoplasy的treee;S
選發育大顎的gene8A
這樣會比較類似討論大顎工能的演化Sd?[^
親源比較遠的系群可能會因為有類似的選擇壓力QM%*
使得它們這一段gene相似度較高g5
以上要做也是可以的\Tm
只是比較難}9J
(個人覺的核DNA要比粒線體DNA要難PCR  而且primer序列應該只有果蠅的)k5zjH
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 O%Vr
至於鍬形蟲體型相關的gene  現在應該還沒有identify出來SnX
這個要做其實也不難  只要有錢(_
先做完library  再用micro array看長大顎的時後表現那一些gene就行~p
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 >|f
但知道了是那一個gene之後  其實也沒什麼用/** we
很多人想的到over expression就會比較大隻\BX
或是做knock in "beetle"C0-t[C
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 [>c
我只能說老鼠都以經被人類做很久了Jm:& 7
knock out的買來還是貴的要死_W-
這部份現在要發展在甲蟲  不會有人想支持及花錢的a C
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 {nSZ
不知道有沒有離題 }mz



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發表文章時間2006/10/17 10:38:18pm　IP: 已設定保密[本文共 1082 位元組]　 
 formosanus 
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  對於這種用心探討的態度及勇氣相當佩服勒CNb{`[
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 9
相信要做這些出來 您應該花了不少心力W/
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 )/W
成果也是有目共睹的勒=#
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 "":HI
自己雖然不是做系統發生的  !5"l{U
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 2
但是也稍微看過  對這種題目也蠻有興趣的S]xTG
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 N>!x0
所以從門外漢的角度  請教幾各問題勒$r
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ZNp'e-
1.總共跑了幾棵樹阿?$3}
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 (ee9:=
2.雖然可以預期相同的產地會在同一群IF#d
 ;;?ps
但我想中部地區的結果是不是相當值得繼續討論的地方?JG|7yJ
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ,omvM
3.對於利用大顎彎曲程度來區分地區型 是不是屬於一個synapomorphic_
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 RQk1
門外漢的我想說  如果利用收集更多該地區的樣品GU
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 %Zjfm
以morphometric方式  將各種特徵做Parsimony analysis後0_1y
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 2
再與CO1 tree進行交叉分析 是不是就可以得到結果阿?tR}bV+
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 .1MV=
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 S-[



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發表文章時間2006/10/19 08:44:00pm　IP: 已設定保密[本文共 603 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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下面引用由formosanus在 2006/10/19 08:44pm 發表的內容：5
對於這種用心探討的態度及勇氣相當佩服勒}Az|i;
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ON3hO;
相信要做這些出來 您應該花了不少心力q
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 bR
成果也是有目共睹的勒8zcV
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自己雖然不是做系統發生的  G@
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但是也稍微看過  對這種題目也蠻有興趣的S_
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 zM
所以從門外漢的角度  請教幾各問題勒%gGaV
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 !}G
1.總共跑了幾棵樹阿?'>_V
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 gy
2.雖然可以預期相同的產地會在同一群N6B|
但我想中部地區的結果是不是相當值得繼續討論的地方?Z}>@6
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3.對於利用大顎彎曲`UI`

D?I)
Maximum parsimony tree共有24條RT[+P0
我放的這一棵tree是這24條的consensus treedh
那  我沒有放distance的tree(像NJ之類的)%
Baysian跟Maximun likelihood也許等data多一點再一起做pa
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 9BNz
中部的族群的確很有趣.
不過還必需要累積更多一點來自中部不同地方的個體LRj}
這題目是當然很好玩  值得做下去的p
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 .k
至於型態  對我來說最大的問題}
應該是如何去加權(coding是這樣翻譯吧)_fI`?^
這方面我比較不熟  不過這是可以拿來分析!pINbx
而且會讓結果更完整的方法,$RE
總之  一切都還在摸索  謝謝你的建議:JICk#
我也希望可以試試看:



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發表文章時間2006/10/21 10:51:29pm　IP: 已設定保密[本文共 996 位元組]　 
 chengtw 
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  就學術的角度來看是相當不錯M
所得到的結果可否能有實務上的應用L
不是說學術領域的探討不重要*~H
畢竟現在的社會就是這樣O;Bsm6
研究結果能夠有效的應用O8*
政府才有可能投入更多的經費d=XA1n
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 #@'r#9
以前唸書的時候.N
希望可以把鰻魚的抗凍基因應用在香魚身上0+n?WG
但是要做的事情實在太多u
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 T7
希望有更多的人投入這類的研究^n



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發表文章時間2006/11/21 11:45:20am　IP: 已設定保密[本文共 318 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  務實的應用可能比較難，因為我當時想的都是對氣候變遷，uLoB
或是環境及地理變化對對生物遺傳結構的影響。不過您說的}
也是很重要的一環，這也是我們對害蟲防治會投入比較多的cA&
資金和注意，他和我們生活息息相關。3)B-t
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 <u&k
而我這一方向的研究，其實也很有應用的價值，可以重過去xSd!i
的氣候變化，還有現金的遺傳結構來看氣候環境變遷對物種W
的影響。另一方面，演化學的理論和研究也應用很多在流行; V! +
病學。所以雖然和生活及經濟活動沒有直接的關係，但其實7I')=
此研究對整個社會的影響還是有的。wTo
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 7#A
隔了四年才發現有問題沒有回覆，真是抱歉！&V



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發表文章時間2010/12/20 02:45:59am　IP: 已設定保密[本文共 528 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  [這篇文章最後由airbugsHuang在 2010/12/19 06:11pm 第 2 次編輯]a%"=<
這一個研究今年終於刊登出來了！{3)
一直都因為研究裡面有的個體太少，所以寫討論和結果比較難。S;
不過至少結果是很好玩的，所以期刊相信有興趣的人還是很多。n
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 7r
題目是：}=M.Wj
Diversification in subtropical mountains: phylogeography, Pleistocene demographic expansion, and evolution of polyphenic mandibles in Taiwanese stag beetle, Lucanus formosanus.|
刊登在： Molecular Phylogenetics and Evolution, 57, 1149-1161Xu/$+(
連結在：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20971199?
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ;rN
內容主要有（一）更新世後期的氣候變化，可能與台灣深山有一個粒線體支系當時族群量大量擴張有關係（全台廣布的支系），而另外一個分布比較侷限的支系（阿里山支系）就沒有這一個現象。oYV
（二）另外就是主要山脈的族群之間有很顯著的過去基因交流，這個基因交流很少可以越過中央山脈，但是可以繞著中央山脈使各個族群之間的遺傳結構連接在一起。a
（三）各個山脈之間有顯著的”型態分化”，其中又以東部和中央山脈西部的族群可以看大顎的型態就區分開來。這些應該大家之前都知道了，但是這一篇文章有數據。kE3J$
（四）最後一部分就是族群間型態的差異和分子差異是”沒有”相關性的，型態和分子的差異都是地理分隔距離造成的結果，住的越近的人長得越像彼此之間的親緣關係也比較接近，但是親源關係不會決定台灣深山長的樣子。!



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快速回覆主題: [討論]台灣深山鍬形蟲
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