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昆蟲論壇 → 《台灣昆蟲紀錄區》 → 《鞘翅目》 [返回] → 瀏覽：[討論]台灣深山鍬形蟲　 標記論壇所有內容為已讀取 

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 * 文章主題： [討論]台灣深山鍬形蟲 本文章有問題，傳送短訊息報告給版主  加到我的最愛&關注本文章  顯示可列印的版本  把本文章打包郵寄  把本文章加到我的最愛  傳送本頁面給朋友   
 airbugsHuang 

 

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  [這篇文章最後由airbugsHuang在 2011/01/05 06:06pm 第 2 次編輯]A
這一篇文章po在這其實是我不知道要po在哪比較好 在台灣鍬形蟲的圖鑑裡面
遇到有台灣深山的時候  通常都會說：Qh[F
台灣深山有分成北部型、中部型以及南部型三種w
最近在論壇上面看到  有人也覺得有東部型r_dN|
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 t_
所以難免會讓人想知道#.
它們這樣的變化是一定的嗎(這個需要量很多標本)wW[NC
或是  這些型態上又差別的族群是不是也已經在遺傳上有差異+
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 iCI!N
很多的書都寫著  這樣的關係值得深入去探討Mcl
但是目前為止還沒找到相關的paper有對台灣深山的討論)gnM
因此  最近收到一些標本的我  就先把手頭上有的個體分析Q
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 m
我所用的方法  是以分子層次的變化來比較各族群之間的關係\\<TF
用這個方法得到資料比較快  而且我也比較熟悉dV
(用養的要花很久的時間、很多的空間，對我來說比較困難)e
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 T-
以下是我有的個體分佈圖8|}E.H
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 3):XG
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K)B
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ==Wfgk
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 (u
(圖片是用許老師2000年paper中的台灣圖修改);& HI~
最北邊紅色的部分為北縣三峽以及烏來h&
下方紅色為北橫巴嶺及拉拉山tF
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 (
中部藍色為溪頭及杉林溪eg]
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 lb[@c
南部綠色為阿里山  及東部的利佳林道和南橫栗園EL_q
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 )t8D*
東部灰色是瑞穗林道u;
(論壇如果不能公布地點，請告訴我，我會把這一段d掉)G%]>GT
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 zYJ
一樣的顏色是之前我比較常看到大家所說的各個型分佈位置NN?F|=
有一點與現今台灣政治顏色相同  所以這樣標a
如果看了不舒服  非常抱歉$f
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ~k9/0[
一開始我所選擇的Gene Region有mt CO1 region及mt16SrDNAv&y
(NCBI上面這兩段基因序列使用分享最多)U1*_3E
後來知道現在bar coding是用CO1  所以我就用CO1來分析Y9
CO1在粒線體的位置如下:5g
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 tf|1h
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dr]6r9
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 =I~q~G
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 dl<{
我所使用的primer pair是simon(1994)的insect universal primerseUb:m
Foreward : C1-J-1751 及 Reverse: TL-N-3014d!x)6
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 wgrj
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 G-
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 E1
PCR之後 切膠純化  然後作TA cloning.0
總共的長度是1302個basepairs[rePF
(因為是universal primer pair，他不是很專一，直接定序不好看。而且&mETM
1302個basepairs必須要再設計一組internal primersBs[azp
才能得到完整漂亮的序列，乾脆用clone比較方便 ),ht
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 rEw
選了Lucanus hermani及Lucanus laetus當外群,t7
(期中Lucanus hermani與台灣深山長的很像  也許是姊妹群)\b
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 `uP6!m
用clustalV 作對齊(alignment是這樣翻嗎)x+f?7
然後用Mega跑Parsimony analysisLOW
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 `3MA
以下的圖是24個most parsimony tree的consensus tree,AMXlY
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 +1HCKm
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Bs-9wj
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©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 =
(TPss北縣三峽、TPwl北縣烏來、TYbl北橫巴領、TYlls北橫拉拉山?43U%
NTst南投溪頭、NTsls南投杉林溪、CYala嘉義阿里山、TDlc台東利佳林道6X?Eg
TDly南橫栗園、HLjs花蓮瑞穗林道))
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 J%?Gy
從CO1的結果來看  台灣深山的各族群遺傳結構(pXaS
已經在地理上有很明顯的分化(structured populations)>z hU5
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 why
大概分成中北部、中南部及東部三群b?UW
其中看的出來方向性  嘉義阿里山最先進來台灣JIe
然後分成東部的族群  以及中北部的族群a`-T
中部南投山區也許是北部及南部族群的重疊地帶/4
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 aA
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B%q*Ro
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以上大概就是初步的結果{mEGV
畢竟我每個地方的個體不多  而且點也很少&/<5N1
所以你也可以不相信我的結果#3t,R
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 b5JX
無論如何nP
這是一個值得繼續作下去的題目vZls
至於各個地方的大顎為什麼會變化的那麼大s
我可以找到的相關文獻在這TPtNs
http://web.thu.edu.tw/g942505/www/Population%20density%20drives%20the%20local%20evolution%20of%20a%20threshold%20dimorphism%20JLT%20&%20GSB%20Nature%202004.pdf}UwB
台灣深山似乎也有類似allometry的現象Co!&Kx
族群密度比較高的地方大型雄蟲放到大顎的能量比較多Zr2P
族群密度地的地方似乎比較少D;
而這樣的結果在目前的分析看來  似乎有遺傳的差異純在了?
不過還是一句  我的sample size很小  他依舊可能是型態的可塑性F
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ]\rIh
大顎的彎曲程度也是大家在分產地的重點&p
但是我沒辦法和我的結果連想起來 相關資料也不多(大多是長度&重量)u5\
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 }r<zEd
以後還要多收集不同產地的台灣深山[|lYX
以及多去博物館量外部型態特徵UN.^|
(想要到交易版徵有確切產地的蟲，可是不敢 呵呵)Hi
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 /~
感謝很多送我標本的人;Y3#t
裡面只有溪頭一隻是我自己抓的nX
其他的夢蟲無我老闆提供很多  cG\
嘉義大學的同學去年送我兩隻阿里山的個體等等>[
非常感謝2C
外群是跟zozo買來的乾標本DoX:4
(PS.只要是沒有發黴過或被蟲子吃過的乾標本，我都可以抽出DNA  得意中)&SMG
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 8(
好了  在論壇潛水很久  好像做了一點事  哈哈|?lv
希望畢業前這個alternative作的完  "或是有人接"(變向的招收學生)a*4$



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發表文章時間2006/10/08 03:25:55pm　IP: 已設定保密[本文共 4042 位元組]　 
 kefarm 




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  好文值得大力推8"Jyf
請問是否有鍬形蟲體型相關基因被cloned 或identified;H_b;
mt CO1 和體型的相關性???/量的關係存在嗎???SjRi



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發表文章時間2006/10/16 10:41:36am　IP: 已設定保密[本文共 141 位元組]　 
 thegame0930 

 

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  鍬形蟲體型相關基因應該是還沒被cloned 或identified"ES]
樓主用的基因應該是粒線體DNA吧ft8F
是一段較不會變異的DNA.sgJ
常常用來鑑定種源關係u>ad
跟體型沒啥關係(有錯請指正)RKD
樓主真是厲害...學以致用3!7"kL



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發表文章時間2006/10/16 10:04:43pm　IP: 已設定保密[本文共 216 位元組]　 
 kefarm 




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下面引用由thegame0930在 2006/10/16 10:04pm 發表的內容：,HY~
鍬形蟲體型相關基因應該是還沒被cloned 或identifiedTEQ'y.
樓主用的基因應該是粒線體DNA吧Ai*c~
是一段較不會變異的DNA5
常常用來鑑定種源關係Bq
...©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 )pxx5V

%8
粒線體DNA和應該體形基因無關1=V+I
我只是想說拿鍬形虫當材料Ok&|/N
比果蠅辛苦多多^JrLjm
也許昆蟲體形基因在果蠅研究已被証實*u
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 r
好久沒在這領域Aa_<
生疏了$6Y*$
若有不當K
請多擔待^5
謝謝!!\+L



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發表文章時間2006/10/17 08:09:49am　IP: 已設定保密[本文共 437 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  粒線體DNA與體型應該是沒有關係的qA2&?*
畢竟它不是核DNAo:ef*
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 0u
它在細胞裡面是用來產生能量%9
基本上會選這一段來做是因為它比較好做o
而且  (雖然我還沒跑過檢測)  它應該比較中性hjL
用來做親源地理的分析比較方便?f
等資料完整之後可以回推分枝點的時間p.8
方便與一些地質事件做結合討論x'
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 E|(
所以討論親源關係大多會選擇做這些homology的treeP~
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 F=#
當然也可以選做homoplasy的tree[k
選發育大顎的gene9)~
這樣會比較類似討論大顎工能的演化owIk#
親源比較遠的系群可能會因為有類似的選擇壓力MjwO
使得它們這一段gene相似度較高3j0
以上要做也是可以的aA.
只是比較難k7
(個人覺的核DNA要比粒線體DNA要難PCR  而且primer序列應該只有果蠅的)x?
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 64>G
至於鍬形蟲體型相關的gene  現在應該還沒有identify出來m<+Q9o
這個要做其實也不難  只要有錢A?
先做完library  再用micro array看長大顎的時後表現那一些gene就行:/=
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 1L{
但知道了是那一個gene之後  其實也沒什麼用)3
很多人想的到over expression就會比較大隻i8G
或是做knock in "beetle")%
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ~Z!
我只能說老鼠都以經被人類做很久了G-OMHk
knock out的買來還是貴的要死%$W,W[
這部份現在要發展在甲蟲  不會有人想支持及花錢的x
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 @
不知道有沒有離題 M,g



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發表文章時間2006/10/17 10:38:18pm　IP: 已設定保密[本文共 1082 位元組]　 
 formosanus 
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  對於這種用心探討的態度及勇氣相當佩服勒}O
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 e
相信要做這些出來 您應該花了不少心力k{3
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 JXg$F
成果也是有目共睹的勒6
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 eN4k9
自己雖然不是做系統發生的  7fpz3+
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 'rR
但是也稍微看過  對這種題目也蠻有興趣的LP)
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 d_(
所以從門外漢的角度  請教幾各問題勒*'OkW
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 odv/A
1.總共跑了幾棵樹阿?*
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 iQ
2.雖然可以預期相同的產地會在同一群U
 L,
但我想中部地區的結果是不是相當值得繼續討論的地方?Z
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 > 3@n
3.對於利用大顎彎曲程度來區分地區型 是不是屬於一個synapomorphic@DY#Uo
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Kqw{
門外漢的我想說  如果利用收集更多該地區的樣品Ew
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 \o7.(
以morphometric方式  將各種特徵做Parsimony analysis後lV[v^
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 o
再與CO1 tree進行交叉分析 是不是就可以得到結果阿?4
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 CW
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 TQSH#Y



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發表文章時間2006/10/19 08:44:00pm　IP: 已設定保密[本文共 603 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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下面引用由formosanus在 2006/10/19 08:44pm 發表的內容：=4~mS~
對於這種用心探討的態度及勇氣相當佩服勒k
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 D%q$!n
相信要做這些出來 您應該花了不少心力DW
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ZUC
成果也是有目共睹的勒/pc
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ptd
自己雖然不是做系統發生的  ),xAx
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 C
但是也稍微看過  對這種題目也蠻有興趣的kBa^E
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 UN\Dg'
所以從門外漢的角度  請教幾各問題勒A
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 +;7^|
1.總共跑了幾棵樹阿?tpecI
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ?cne
2.雖然可以預期相同的產地會在同一群gV+{
但我想中部地區的結果是不是相當值得繼續討論的地方?TUX-
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 A"Q_]*
3.對於利用大顎彎曲a

i}~*6g
Maximum parsimony tree共有24條:X
我放的這一棵tree是這24條的consensus tree/w
那  我沒有放distance的tree(像NJ之類的)UqS3%z
Baysian跟Maximun likelihood也許等data多一點再一起做VPOpoZ
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 *aH(
中部的族群的確很有趣J
不過還必需要累積更多一點來自中部不同地方的個體M2%99>
這題目是當然很好玩  值得做下去的c?Zd_+
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 uK6O)
至於型態  對我來說最大的問題<{lf6
應該是如何去加權(coding是這樣翻譯吧)9!dQ
這方面我比較不熟  不過這是可以拿來分析|
而且會讓結果更完整的方法_ &iL
總之  一切都還在摸索  謝謝你的建議``
我也希望可以試試看]=



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發表文章時間2006/10/21 10:51:29pm　IP: 已設定保密[本文共 996 位元組]　 
 chengtw 
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  就學術的角度來看是相當不錯G.}(9
所得到的結果可否能有實務上的應用-B\^
不是說學術領域的探討不重要s:DQ4~
畢竟現在的社會就是這樣75oP
研究結果能夠有效的應用K-
政府才有可能投入更多的經費j=^p)
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 1nv%
以前唸書的時候y~h
希望可以把鰻魚的抗凍基因應用在香魚身上9-=W:x
但是要做的事情實在太多-%
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 9
希望有更多的人投入這類的研究sDQhum



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發表文章時間2006/11/21 11:45:20am　IP: 已設定保密[本文共 318 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  務實的應用可能比較難，因為我當時想的都是對氣候變遷，t"?\
或是環境及地理變化對對生物遺傳結構的影響。不過您說的zP zd
也是很重要的一環，這也是我們對害蟲防治會投入比較多的uO`Z
資金和注意，他和我們生活息息相關。(H
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 'd5@
而我這一方向的研究，其實也很有應用的價值，可以重過去o
的氣候變化，還有現金的遺傳結構來看氣候環境變遷對物種97eU
的影響。另一方面，演化學的理論和研究也應用很多在流行+a
病學。所以雖然和生活及經濟活動沒有直接的關係，但其實Y.9yC
此研究對整個社會的影響還是有的。'idEZ-
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 jeT3NK
隔了四年才發現有問題沒有回覆，真是抱歉！!-'



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發表文章時間2010/12/20 02:45:59am　IP: 已設定保密[本文共 528 位元組]　 
 airbugsHuang 

 

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  [這篇文章最後由airbugsHuang在 2010/12/19 06:11pm 第 2 次編輯]^4XL
這一個研究今年終於刊登出來了！u(}-.0
一直都因為研究裡面有的個體太少，所以寫討論和結果比較難。w
不過至少結果是很好玩的，所以期刊相信有興趣的人還是很多。.Jsu*
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 BF-
題目是：qi)f
Diversification in subtropical mountains: phylogeography, Pleistocene demographic expansion, and evolution of polyphenic mandibles in Taiwanese stag beetle, Lucanus formosanus.p
刊登在： Molecular Phylogenetics and Evolution, 57, 1149-1161aQt
連結在：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/209711991ueh#N
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 s{
內容主要有（一）更新世後期的氣候變化，可能與台灣深山有一個粒線體支系當時族群量大量擴張有關係（全台廣布的支系），而另外一個分布比較侷限的支系（阿里山支系）就沒有這一個現象。>]j
（二）另外就是主要山脈的族群之間有很顯著的過去基因交流，這個基因交流很少可以越過中央山脈，但是可以繞著中央山脈使各個族群之間的遺傳結構連接在一起。GsFV
（三）各個山脈之間有顯著的”型態分化”，其中又以東部和中央山脈西部的族群可以看大顎的型態就區分開來。這些應該大家之前都知道了，但是這一篇文章有數據。[8s1lk
（四）最後一部分就是族群間型態的差異和分子差異是”沒有”相關性的，型態和分子的差異都是地理分隔距離造成的結果，住的越近的人長得越像彼此之間的親緣關係也比較接近，但是親源關係不會決定台灣深山長的樣子。N+



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快速回覆主題: [討論]台灣深山鍬形蟲
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