[分享] 測試分子條碼在歐洲深山種群的適用性 @ 《昆蟲討論區》

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* 文章主題： [分享] 測試分子條碼在歐洲深山種群的適用性把本文章打包郵寄把本文章加到我的最愛

airbugsHuang

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熱乎乎的新文章：-6V
http://www.pensoft.net/journals/zookeys/article/5526/abstract/testing-the-performance-of-a-fragment-of-the-coi-gene-to-identify-western-palaearctic-stag-beetle-species-coleoptera-lucVp+9A
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 B
收錄在新一期ZooKeys的生物條碼應用特刊：_}
http://www.pensoft.net/journals/zookeys/issue/365/-$/Os&
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很有趣的一些點：{Zb8Y^
1. 土耳其的同一棵樹上可以發現Lcj，Lca，及Lcl。但是這三種之間的分子差異極大，完全是不一樣的類群。w"=^
2. Lcc，Lc turcicus，Lc pentaphyllus及Lc macrophyllus沒辦法用分子條法區分。討論傾向Lc penta及Lc turcicus應該都只是Lcc的地區性特別的發育型。s
3. L barbarossa與Lc fabiani很接近形成一個單系群。但是當在西班牙發現L barbarossa與Lcc共域的時候，那裡的L barbarossa就變成與Lcc有一樣的基因型。（L barbarossa很喜歡亂來？誤）6?lK7t
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總而言之，大家知道的Lca，Lcj，Lcl彼此之間差異很大分得很清楚。I
其他各個產地的Lcc以及一些特別地區型或是亞種，或是一些小型的歐洲Lucanus之間的關係沒辦法有效的用生物條碼區分開來！RiDB
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大家新年快樂！Z4@~^*

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發表文章時間 2013/12/31 06:48:22am　IP: 已設定保密 [本文共 1062 位元組]　

yichance1
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謝謝樓主很棒的知識分享~2x-A'i
看起來~最不會絕種的是L barbarossaq
因為性趣廣泛~g.{*D

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本人圖文除買賣外,其餘免通知歡迎自由引用,
~~~~~~~~~~~~~~~~~~歡迎交流~~~~~~~~~~~~~
2022.02.09
徵金色美它Cmf 70+成對

發表文章時間 2013/12/31 09:34:22am　IP: 已設定保密 [本文共 123 位元組]　

gieee
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下面引用由airbugsHuang在 2013/12/30 06:48:22pm 發表的內容：LeX
土耳其的同一棵樹上可以發現Lcj，Lca，及Lcl......T5^

l-T,
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怎會那麼好康的事，土耳其的蟲友真幸福唷！4zn@
在台灣，大概就是一棵樹上很多種金龜子吧？能有很多種大型兜鍬的機會，大概只有在夜晚的布幕上，and加上一堆蛾。!.

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發表文章時間 2013/12/31 10:47:46am　IP: 已設定保密 [本文共 326 位元組]　

papilio
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CO I對Lucanus來說突變速度太快，不足以用於種級以下？/#HX

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airbugsHuang

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[這篇文章最後由airbugsHuang在 2014/01/01 02:47:54pm 第 1 次編輯]S{Ko#z
不知道耶，不過barcoding本來就是比較合適用在community ecology的研究，因為都是不一樣的屬或是同屬但是不是姊妹種才會需要這些快速鑑定。真的研究親緣關係或是生物種鑑定不太可能用barcoding在層級這麼低的分類群的研究彼此之間的關係。-
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 u
這裡有圖：21( ]^
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此主題相關圖片如下：w h
aN|XVJ
7A
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正在讀取此圖片的詳細資料，請稍候 ...
P2

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發表文章時間 2014/01/02 02:46:06am　IP: 已設定保密 [本文共 411 位元組]　

papilio
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下面引用由airbugsHuang在 2014/01/01 02:46:06pm 發表的內容：=[
不知道耶，不過barcoding本來就是比較合適用在community ecology的研究，因為都是不一樣的屬或是同屬但是不是姊妹種才會需要這些快速鑑定。真的研究親緣關係或是生物種鑑定不太可能用barcoding在層級這麼低的分　...^

`v
是的，我也不認為Barcoding可以用來解決這層級的議題Y{
所以我覺得用CO I就想要推論你說的那些有趣論點很武斷2{2}

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lacosteman

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現代分子生物技術用來鑑定非常方便且快速zR}2lj
但分子生物技術若要用在分類上?#y{ky
只能當作一種佐證數據,z]F
不能直接拿來做分類依據;)
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 /4pM;
例如您舉的例子我也覺得很矛盾的地方y+
1. 土耳其的同一棵樹上可以發現Lcj，Lca，及Lcl。但是這三種之間的分子差異極大，完全是不一樣的類群。ig
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 d(*6
您指的同一棵樹是指分類樹?還是指真的樹??I+A3
若是真的樹，那更不可能了'
Lcj、Lca及Lcl他們僅僅是亞種的不同EM.
在分類學上R
亞種不算一種<=
也就是說DiB
他們之間是可以正常交配產生出後代的rq73GT
因此不太可能真的分群l`W
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 +vdu
而分類樹上8}+
通常會取決於標本保存時間、方式'M.T4
以及供試標本數量等等(很多因素)naJ
都會影響最終的分類樹分群lB'
這一部分M&/
除了鍬形蟲f`LjoD
其他分類群我也嘗試過$LEO3
也發現明明是不同科的兩個物種caj
居然能歸成同一群N
也有同屬不同種的兩個物種tL*m
跑完的結果居然無法分出是不同種,!U/3
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 6
我並不是說他的實驗方法可能有瑕疵,V&
只是單靠這個分子生物技術產生的分類樹要去證實您所說的一些論點i8r
可能需要更多的佐證資訊唷~p

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發表文章時間 2014/01/06 00:45:13am　IP: 已設定保密 [本文共 897 位元組]　

papilio
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下面引用由lacosteman在 2014/01/06 00:45:13am 發表的內容：rE%
現代分子生物技術用來鑑定非常方便且快速cTjX
但分子生物技術若要用在分類上;fI
只能當作一種佐證數據$
不能直接拿來做分類依據H"
...©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 V6GI8^

H
蛤？©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Q *r
看不懂...0l9<
真的樹(true tree)永遠無法被找到，這是基本觀念。Q
分類樹又是什麼東西？)H
你說你曾經試驗過，你是做哪種試驗？]?z#8
用形態還是分子特徵重建親緣關係樹？V/$TGB
用分子的話有沒有想過是因為用錯DNA片段？rOZKq

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airbugsHuang

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[這篇文章最後由airbugsHuang在 2014/01/05 05:01:41pm 第 2 次編輯]!a'=u!
1. 土耳其的同一棵樹上可以發現Lcj，Lca，及Lcl。但是這三種之間的分子差異極大，完全是不一樣的類群。eCz"y
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 jk/
這裡我是說長在森林裡面的那一種樹。目的是要說這三種歐洲深山共域！a
分子差異是根據附圖及文章裡面整理的分子片段差異。目的是要說這三種之間有基因交流的機會不大。IVVNS5
是兩個不一樣的事情，所以應該是我寫得不夠清楚...lI3Z
本來這一篇文章有想要討論把Lcj，Lca，Lcl提升為不同“種”。@V]X-a
但是就像Papilio大大說的只有單一分子證據，-qfnC\
所以這一篇文章就把那一部分去掉了（可以寫信去問Karen或Anno）。,}@mi
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 d
就像他們文章裡面說的，這是一個開始的計劃，%
我們知道有很多的歐洲深山，每一個種（亞種，型，或族群）之間其實很難找到差異在哪裡。~r,<
以前用形態證據很難，現在再告訴你用分子鑑定也很難。oPfaBB
但是這些並不是系統分類學門的全部，還有很多族群遺傳學的模型可以用來解決這些問題，這一些也會是歐洲深山研究團隊後的方向。Y0\
至於選用的分子片段會有不一樣的tree topologies跟demographic history比較有關係。有沒有分在同一群或是分不出差異都只是單一gene tree的topology。這些研究員也都知道這一點，所以之後他們會試更多的分子資料並用其他的方法來討論這一個有趣的現象！（不會有人期待用一個基因就解決近期分化的族群/種之間的關係）。 fL
他們是在討論裡面講了我提的那些有趣的點，也是之後研究方向可以測試的假說。F/
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 (sQ0DP
但是！這文章還蠻有用的因為這方法可以告訴你你抓的是Lcc不是Lcj/Lca...如果之後Lca或Lcj變保育紅皮書裡面的生物，保育警察就算你偷渡的是蟲卵，幼蟲，或母蟲都可以有高很快的效率可以鑑定出來！就算你騙保預警察你抓的是Lcc他也可以快速發現你在說謊。JsU/i
我相信這才是這一篇生物條碼應用的文章目前最大的貢獻。J

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發表文章時間 2014/01/06 04:45:05am　IP: 已設定保密 [本文共 1580 位元組]　

papilio
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你不會覺得這話題太難哦...%Q-mKa

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下面引用由papilio在 2014/01/06 01:08:16am 發表的內容：LUA~
蛤？©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 )vJ%&Q
看不懂...t
真的樹(true tree)永遠無法被找到，這是基本觀念。m
分類樹又是什麼東西？$+"rc<
...©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 zB

CBh>*
©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 ,D_.
蛤？©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 Gq-!]
看不懂...4
真的樹(true tree)永遠無法被找到，這是基本觀念。(對！大大您說的沒錯！！！不過您曲解我的意思了！真的樹如果永遠無法被找到，那馬路上那些是啥??很高的草嗎=,=，其實我也不懂您想幫我說什麼...);WTY
不過，還是謝謝指教了！?#IP:7

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發表文章時間 2014/01/06 10:40:15pm　IP: 已設定保密 [本文共 458 位元組]　

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[這篇文章最後由papilio在 2014/01/07 02:03:37am 第 2 次編輯]G`'4`j

下面引用由lacosteman在 2014/01/06 10:40:15pm 發表的內容：$,^we
蛤？©昆蟲論壇 -- 昆蟲論壇　　 h5p"Ys
看不懂...~O
真的樹(true tree)永遠無法被找到，這是基本④␀敢z想幫我說什麼...)_EP|co
不過，還是謝謝指教了！y Kx

1d9U
真正的那棵演化樹無法被找到...YOG
我沒有想要幫你回答什麼，因為我壓根看不懂你在說什麼。HnM
所以我只是嘗試想要知道你的問題在哪裡。&?u;
另外請問真的樹跟分類樹差在哪裡？HgC

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發表文章時間 2014/01/07 01:53:18am　IP: 已設定保密 [本文共 480 位元組]　

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