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主題標題： [討論]台灣深山鍬形蟲

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文章一覽：[討論]台灣深山鍬形蟲 (新回覆在最前面,最多列出 6 個)　 [列出所有回覆]

airbugsHuang 發表於： 2010/12/20 03:00:07am

[這篇文章最後由airbugsHuang在 2010/12/19 06:11pm 第 2 次編輯]

這一個研究今年終於刊登出來了！
一直都因為研究裡面有的個體太少，所以寫討論和結果比較難。
不過至少結果是很好玩的，所以期刊相信有興趣的人還是很多。

題目是：
Diversification in subtropical mountains: phylogeography, Pleistocene demographic expansion, and evolution of polyphenic mandibles in Taiwanese stag beetle, Lucanus formosanus.
刊登在： Molecular Phylogenetics and Evolution, 57, 1149-1161
連結在：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20971199

內容主要有（一）更新世後期的氣候變化，可能與台灣深山有一個粒線體支系當時族群量大量擴張有關係（全台廣布的支系），而另外一個分布比較侷限的支系（阿里山支系）就沒有這一個現象。
（二）另外就是主要山脈的族群之間有很顯著的過去基因交流，這個基因交流很少可以越過中央山脈，但是可以繞著中央山脈使各個族群之間的遺傳結構連接在一起。
（三）各個山脈之間有顯著的”型態分化”，其中又以東部和中央山脈西部的族群可以看大顎的型態就區分開來。這些應該大家之前都知道了，但是這一篇文章有數據。
（四）最後一部分就是族群間型態的差異和分子差異是”沒有”相關性的，型態和分子的差異都是地理分隔距離造成的結果，住的越近的人長得越像彼此之間的親緣關係也比較接近，但是親源關係不會決定台灣深山長的樣子。

airbugsHuang 發表於： 2010/12/20 02:45:59am

務實的應用可能比較難，因為我當時想的都是對氣候變遷，
或是環境及地理變化對對生物遺傳結構的影響。不過您說的
也是很重要的一環，這也是我們對害蟲防治會投入比較多的
資金和注意，他和我們生活息息相關。

而我這一方向的研究，其實也很有應用的價值，可以重過去
的氣候變化，還有現金的遺傳結構來看氣候環境變遷對物種
的影響。另一方面，演化學的理論和研究也應用很多在流行
病學。所以雖然和生活及經濟活動沒有直接的關係，但其實
此研究對整個社會的影響還是有的。

隔了四年才發現有問題沒有回覆，真是抱歉！

chengtw 發表於： 2006/11/21 11:45:20am

就學術的角度來看是相當不錯
所得到的結果可否能有實務上的應用
不是說學術領域的探討不重要
畢竟現在的社會就是這樣
研究結果能夠有效的應用
政府才有可能投入更多的經費

以前唸書的時候
希望可以把鰻魚的抗凍基因應用在香魚身上
但是要做的事情實在太多

希望有更多的人投入這類的研究

airbugsHuang 發表於： 2006/10/21 10:51:29pm

下面引用由formosanus在 2006/10/19 08:44pm 發表的內容：
對於這種用心探討的態度及勇氣相當佩服勒

相信要做這些出來您應該花了不少心力

成果也是有目共睹的勒

自己雖然不是做系統發生的

但是也稍微看過對這種題目也蠻有興趣的

所以從門外漢的角度請教幾各問題勒

1.總共跑了幾棵樹阿?

2.雖然可以預期相同的產地會在同一群

但我想中部地區的結果是不是相當值得繼續討論的地方?

3.對於利用大顎彎曲

Maximum parsimony tree共有24條
我放的這一棵tree是這24條的consensus tree
那我沒有放distance的tree(像NJ之類的)
Baysian跟Maximun likelihood也許等data多一點再一起做

中部的族群的確很有趣
不過還必需要累積更多一點來自中部不同地方的個體
這題目是當然很好玩值得做下去的

至於型態對我來說最大的問題
應該是如何去加權(coding是這樣翻譯吧)
這方面我比較不熟不過這是可以拿來分析
而且會讓結果更完整的方法
總之一切都還在摸索謝謝你的建議
我也希望可以試試看

formosanus 發表於： 2006/10/19 08:44:00pm

對於這種用心探討的態度及勇氣相當佩服勒

相信要做這些出來您應該花了不少心力

成果也是有目共睹的勒

自己雖然不是做系統發生的

但是也稍微看過對這種題目也蠻有興趣的

所以從門外漢的角度請教幾各問題勒

1.總共跑了幾棵樹阿?

2.雖然可以預期相同的產地會在同一群

但我想中部地區的結果是不是相當值得繼續討論的地方?

3.對於利用大顎彎曲程度來區分地區型是不是屬於一個synapomorphic

門外漢的我想說如果利用收集更多該地區的樣品

以morphometric方式將各種特徵做Parsimony analysis後

再與CO1 tree進行交叉分析是不是就可以得到結果阿?

airbugsHuang 發表於： 2006/10/17 10:38:18pm

粒線體DNA與體型應該是沒有關係的
畢竟它不是核DNA

它在細胞裡面是用來產生能量
基本上會選這一段來做是因為它比較好做
而且 (雖然我還沒跑過檢測) 它應該比較中性
用來做親源地理的分析比較方便
等資料完整之後可以回推分枝點的時間
方便與一些地質事件做結合討論

所以討論親源關係大多會選擇做這些homology的tree

當然也可以選做homoplasy的tree
選發育大顎的gene
這樣會比較類似討論大顎工能的演化
親源比較遠的系群可能會因為有類似的選擇壓力
使得它們這一段gene相似度較高
以上要做也是可以的
只是比較難
(個人覺的核DNA要比粒線體DNA要難PCR 而且primer序列應該只有果蠅的)

至於鍬形蟲體型相關的gene 現在應該還沒有identify出來
這個要做其實也不難只要有錢
先做完library 再用micro array看長大顎的時後表現那一些gene就行

但知道了是那一個gene之後其實也沒什麼用
很多人想的到over expression就會比較大隻
或是做knock in "beetle"

我只能說老鼠都以經被人類做很久了
knock out的買來還是貴的要死
這部份現在要發展在甲蟲不會有人想支持及花錢的

不知道有沒有離題